種子萌發過程分為四個階段：吸脹、萌動、發芽和幼苗形成。
1、吸脹：是種子萌發的起始階段。表現為種子吸水而膨脹直到壹定的飽和程度。稻種出現谷粒膨大，谷殼變軟。
2、萌動：為種子萌發的第二階段。表現為種子體內各種重量變化作用，貯藏物質進行轉化，轉移到生長點，使胚的體積擴大，胚根尖端突破種皮外伸，這壹現象稱為種子萌動，也稱為“露白”或“破胸”。
3、發芽：種子萌動後，種胚繼續生長，當胚根、胚芽伸出種皮並發育到壹定程度時，就稱為發芽。
4、幼苗生長：芽谷播種後，胚根下紮，胚芽鞘向上豎起，生長上叫紮根扶葉。隨後，不完全葉伸出芽鞘，稱為出苗（也稱現青）。第1-3片完全葉抽出後，其芽鞘節上長出數條不定根，有利於幼苗紮根立苗。
種子萌發外界條件
1、充足的水分
休眠的種子含水量壹般只占幹重的10%左右。種子必須吸收足夠的水分才能啟動壹系列酶的活動，開始萌發。不同種子萌發時吸水量不同。
2、適宜的溫度
各類種子的萌發壹般都有最低、最適合最高三個基點溫度。溫帶植物種子萌發，要求的溫度範圍比熱帶的低。
3、足夠的氧氣
種子吸水後呼吸作用增強，需氧量加大。壹般作物種子要求其周圍空氣中含氧量在10%以上才能正常萌發。
4、充足的陽光
壹般種子萌發和光線關系不大，無論在黑暗或光照條件下都能正常進行，但有少數植物的種子，需要在有光的條件下，才能萌發良好，如黃榕、煙草和萵苣的種子在無光條件下不能萌發。