旗是內蒙古自治區獨有的縣級行政單位，級別相當於地級市所轄的區、縣（或自治縣），旗屬於蒙古族自治地方，設有旗政府，最高行政長官為旗長，自治旗相當於除蒙古族外的其他少數民族自治縣。
內蒙古***下轄有49個旗，3個自治旗，3個自治旗分別是鄂倫春自治旗、莫力達瓦達斡爾族自治旗、鄂溫克族自治旗。
內蒙古的49個旗
土默特左旗、土默特右旗、達爾罕茂明安聯合旗、陳巴爾虎旗、新巴爾虎左旗、新巴爾虎右旗、阿榮旗、科爾沁右翼前旗、科爾沁右翼中旗、紮賚特旗、科爾沁左翼中旗、科爾沁左翼後旗、庫倫旗、奈曼旗、紮魯特旗、阿魯科爾沁旗、巴林左旗、巴林右旗、克什克騰旗、翁牛特旗、喀喇沁旗。
敖漢旗、阿巴嘎旗、蘇尼特左旗、蘇尼特右旗、東烏珠穆沁旗、西烏珠穆沁旗、太仆寺旗、鑲黃旗、正鑲白旗、正藍旗、察哈爾右翼前旗、察哈爾右翼中旗、察哈爾右翼後旗、四子王旗、達拉特旗、準格爾旗、鄂托克前旗、鄂托克旗、杭錦旗、烏審旗、伊金霍洛旗、烏拉特前旗、烏拉特中旗、烏拉特後旗、杭錦後旗、阿拉善左旗、阿拉善右旗、額濟納旗。