壹、代表不同：
1、EVA：
EVA代表了《新世紀福音戰士》整個系列的作品。
2、EOE：
EOE僅代表《新世紀福音戰士 Air/真心為妳》。
二、內容不同：
1、EVA：
作品以發生了“第二次沖擊”大災害的2015年的世界為舞臺，主要講述了14歲少年少女們操控巨大泛用人形決戰兵器“EVA”，與襲擊第3新東京市的神秘敵人“使徒”之間的戰鬥故事。
2、EOE：
該片主要講述了在碇原堂急於實施人類補完計劃的過程中，SEELE與NERV之間展開的激烈鬥爭。
故事背景
EVA故事描述的是壹個有關“第二次沖擊”的記事。公元2000年有顆巨大的隕石墜落在南極冰山附近，高溫造成部分冰塊溶化，連帶使得全球水位上漲，接下來的天災人禍更是連綿不斷，公元2015年又出現了新的入侵者，壹種似人的巨大機械戰鬥群，人們將之稱為”使徒”。
人類此刻的各種軍事武器對使徒可說是毫無用處，為此，當時地球的政治中心決定重用NERV這個組織，他們以最精密的技術，花費巨資研究出壹種以駕駛員的神經直接控制的”泛用人形決戰兵器”。
駕駛人選壹直是NERV最頭疼的地方，除了符合條件的人難覓，而且還必須經過幾個月訓練才能和EVA達到同步活動的基本能力。而後，在世界上發現了3名可以駕駛EVA的少男少女，人們把希望都寄托在了他們身上。