他的三個兒子前軍都督僉事耿璇、後軍都督僉事耿瓛、尚寶司卿耿瑄，也都受到牽連被殺。
耿炳文（1334年－1403年），濠州（今安徽鳳陽）人 ，管軍總管耿君用之子，明朝開國軍事將領，官至大將軍，以功封長興侯。屢敗張士誠軍，跟隨大將徐達、常遇春等攻下汴梁、攻占大同，攻克晉冀、征討陜西，打敗李思齊、張思道。後來曾為建文帝率兵抵抗朱棣。永樂二年（1404年），耿炳文被人彈劾服飾逾制自殺（壹說耿炳文已戰死真定）。
耿璇，長興侯耿炳文子，濠人。前軍都督僉事。尚懿文太子朱標長女江都公主。炳文北伐，璇嘗勸直搗北平。炳文受代歸，不復用，璇憤甚。永樂初，杜門稱疾，坐罪死。
耿瓛，長興侯耿炳文子，耿璇弟，濠人。後軍都督僉事。與江陰侯吳高、都指揮楊文帥遼東兵圍永平，不克，退保山海關。高被間，徙廣西。文守遼東，瓛數請攻永平以動北平，文不聽。後與弟尚寶司卿瑄，皆坐罪死。
耿瑄，耿瓛弟，官至尚寶司卿，後與兄長皆坐罪死。