綠色食品標準是由農業部發布的推薦性農業行業標準(NY/T)，是綠色食品生產企業必須遵照執行的標準。綠色食品標準以全程質量控制為核心，由以下6個部分構成：
環境質量標準
綠色食品產地環境質量標準制定這項標準的目的，壹是強調綠色食品必須產自良好的生態環境地域，以保證綠色食品最終產品的無汙染、安全性；二是促進對綠色食品產地環境的保護和改善。綠色食品產地環境質量標準規定了產地的空氣質量標準、農田灌溉水質標準、漁業水質標準、畜禽養殖用水標準和土壤環境質量標準的各項指標以及濃度限值、監測和評價方法。提出了綠色食品產地土壤肥力分級和土壤質量綜合評價方法。
生產技術標準
綠色食品生產技術標準是綠色食品標準體系的核心，它包括綠色食品生產資料使用準則和綠色食品生產技術操作規程兩個部分。綠色食品生產資料使用準則是對生產綠色食品過程中物質投入的壹個原則性規定，它包括生產綠色食品的農藥、肥料、食品添加劑、飼料添加劑、獸藥和水產養殖藥的使用準則，對允許、限制和禁止使用的生產資料及其使用方法、使用劑量等做出了明確規定。綠色食品生產技術操作規程是以上述準則為依據，按作為種類、畜牧種類和不同農業區域的生產特性分別制定的，用於指導綠色食品生產活動，規範綠色食品生產技術的技術規定，包括農產品種植、畜禽飼養、水產養殖等技術操作規程。
產品標準
綠色食品產品標準，此項標準是衡量綠色食品最終產品質量的指標尺度。其衛生品質要求高於國家現行標準，主要表現在對農藥殘留和重金屬的檢測項目種類多、指標嚴。而且，使用的主要原料必須是來自綠色食品產地的、按綠色食品生產技術操作規程生產出來的產品。
包裝標簽標準
綠色食品包裝標簽標準此項標準規定了進行綠色食品產品包裝時應遵循的原則，包裝材料選用的範圍、種類，包裝上的標識內容等。要求產品包裝從原料、產品制造、使用、回收和廢棄的整個過程都應有利於食品安全和環境保護，包括包裝材料的安全、牢固性，節省資源、能源，減少或避免廢棄物產生，易回收循環利用，可降解等具體要求和內容。綠色食品產品標簽，除要求符合國家《食品標簽通用標準》外，還要求符合《中國綠色食品商標標誌設計使用規範手冊》規定。
貯藏運輸標準
綠色食品貯藏、運輸標準。此項標準對綠色食品貯運的條件、方法、時間做出規定。以保證綠色食品在貯運過程中不遭受汙染、不改變品質，並有利於環保、節能。
其他相關標準
綠色食品其他相關標準。包括"綠色食品生產資料"認定標準、"綠色食品生產基地"認定標準等。