黃巖島以東是幽深的馬尼拉海溝，這是中國中沙群島與菲律賓群島的自然地理分界。黃巖島四周為距水面0.5米到3米之間的環形礁盤，礁盤周緣長55公裏，面積139平方公裏，礁盤外形呈等腰直角三角形，其內部形成壹個面積為95平方公裏、水深為10米-20米的_湖。黃巖島發育在3500米深的海盆上，是南海中沙群島中唯壹露出水面的島嶼，四周為距水面半米到3米之間的環形礁盤。
黃巖島附近海區，有十分豐富的漁類資源和礦產資源，是良好的天然漁場，有大量的優質石斑魚、鰻魚、海鯉、鸚鵡魚、鯊魚、海豚、雞尾魚等；還有豐富的貝類和藻類資源。黃巖島海區蘊藏著極其豐富的礦產資源；主要是錳結核和金屬軟泥，所含的金屬有30多種，其中錳、銅、鈷、鎳的含量最為豐富；另外石油和天然氣也極豐富。隨著陸上資源的日益減少，海洋資源的勘探和開發，越來越成為必須。
黃巖島是整個中沙群島壹帶海域中，唯壹壹個有礁石露出水面的島礁。它的地理位置，對於中國神聖領土的完整性，對於開發南海的經濟，其重要性不言而喻。黃巖島的地理位置十分特殊。對於每年4月至5月和10月至11月在南海進行漁業作業的中國漁民來講，黃巖島是深海漁業捕撈的重要漁場和熱帶風暴降臨時的天然避風良港。