1、原理：
Southern印跡雜交是進行基因組DNA特定序列定位的通用方法。其基本原理是：具有壹定同源性的兩條核酸單鏈在壹定的條件下，可按堿基互補的原則特異性地雜交形成雙鏈。
壹般利用瓊脂糖凝膠電泳分離經限制性內切酶消化的DNA片段，將膠上的DNA變性並在原位將單鏈DNA片段轉移至尼龍膜或其他固相支持物上，經幹烤或者紫外線照射固定，再與相對應結構的標記探針進行雜交，用放射自顯影或酶反應顯色，從而檢測特定DNA分子的含量。
2、應用：
（1）遺傳病診斷；
（2）DNA圖譜分析；
（3）檢測樣品中的DNA及其含量：先將DNA樣品(含不同大小的DNA片段)先按片段長短進行分離，然後進行雜交。這樣可確定雜交靶分子的大小。
（4）PCR產物分析。
擴展資料
Southern印跡雜交技術的過程：
Southern印跡雜交技術包括兩個主要過程：
壹是將待測定核酸分子通過壹定的方法轉移並結合到壹定的固相支持物（硝酸纖維素膜或尼龍膜）上，即印跡（blotting）；
二是固定於膜上的核酸與同位素標記的探針在壹定的溫度和離子強度下退火，即分子雜交過程。該技術是1975年英國愛丁堡大學的E.M.Southern首創的，Southern印跡雜交故因此而得名。
早期的Southern印跡是將凝膠中的DNA變性後，經毛細管的虹吸作用，轉移到硝酸纖維膜上。印跡方法如電轉法、真空轉移法；濾膜發展了尼龍膜、化學活化膜（如APT、ABM纖維素膜）等。
利用Southern印跡法可進行克隆基因的酶切、圖譜分析、基因組中某壹基因的定性及定量分析、基因突變分析及限制性片斷長度多態性分析（RFLP）等。
百度百科-Southern印跡雜交技術