蒙醫根據藥物的寒熱兩性，派生出8種藥性能，最後又發展成為藥物的17種功能。
在臨床實踐中運用這17種藥物功能去克制疾病的20種基本性質，而達到治病的目的，使患者康復。常用藥物 蒙醫用藥很廣泛，包括植物、動物、礦物及化學制品，但絕大部分還是取自野生植物，據文獻記載，蒙藥材約有2230多種，經調查考證的蒙藥材，屬於植物種子、果實類的有203種；根及根莖類231種；全草類256種；枝葉類54種；花類83種；皮類35種，藤木類36種；菌藻類14種；樹脂類14種；植物的其他類28種；昆蟲類30種；動物類260種；礦石類98種。***計1342種。當地產蒙藥材有香青蘭、沙前胡、播娘蒿、角茴香、牧馬豆、腺莖獨行菜、沙棘、蓮座薊、文冠木，杠柳、蒙古山蘿蔔花、白龍昌菜，山刺玫、金蓮花、冷蒿、梅花草、花錨、扁蕾、齒葉草、手掌參、蒙芯芭、火絨蓮花、冷蒿、梅花草、花錨、扁蕾、齒葉草、手掌參、蒙芯芭、火絨草、船盔烏頭、唐松草、鐵線蓮等。據調查全區可資利用的蒙古野生藥材達800余種。除自產自用當地產的藥材外，中蒙藥、蒙藏藥也大量交叉應用。如肉蓯蓉通用於滋補強壯，而蒙醫還多用於治療脾胃病；中蒙藥通用草烏，而蒙醫不僅用烏頭，還用草烏茸（地上四橫指嫩苗或加工的草鳥芽）、草烏葉、草烏花等，且用於溫熱病、半身不遂、五官科疾病、腸炎等病癥；如訶子中蒙醫通用，但蒙醫更為廣泛用於各種疾病；廣棗，中醫用它的樹皮治療燙傷，蒙醫則用其果實治療心臟病；肉豆蔻，中醫煨用於暖脾胃、澀腸、下氣，蒙醫用生肉豆蔻治療心臟病，並用其假種皮“肉豆蔻衣”（藥名為玉果花），治療風、氣、白脈病。蒙藏藥交叉應用列為普遍，如三棵針、山川柳、山刺梨、土木香、小葉蓮、冬青、毛瓣綠絨蒿、雙色龍膽、烏奴龍膽、白花龍膽、石榴、紅景天纖毛婆婆納、橐吾、傘梗虎耳草、卷絲苦苔、波棱瓜子、余甘子、雪蓮花、翼首草、囊距翠譽等。方劑 蒙醫方劑壹般由二味或數味藥所組成。蒙醫常用成藥，很少開方。蒙藥臨床治療的根本原則也是辯證施治，配方分氣味、性能二類。藥物分主、輔、佐、使。壹般成藥有400余種。已知蒙醫傳統配方，單方、驗方***1500多首，絕大多數為復方制劑。