區別如下：
1、FORM E是適用於中國—東盟自由貿易區的優惠原產地證書，FORM A是發達國家（歐洲、日本、加拿大等）給予發展中國家的關稅普遍優惠的原產地憑證。兩者適用範圍不同。
2、FORM E是中國-東盟自由貿易區優惠原產地證明書，該證書的正本和第二副本應由出口人提供給進口人以供其在進口國通關使用。
3、FORM A 是普惠制原產地證明書格式A，它的全稱是《普遍優惠制原產證明（申報與證明之聯合格式）格式A》，英文為：GENERALIZED SYSTEM OF PREFERENCES CERTIFICATE OF ORIGIN（COMBINED DECLARATION AND CERTIFICATE）FORM A，它是受惠國的原產品出口到給惠國時享受普惠制減免關稅待遇時必備的官方憑證，所有的給惠國都接受。格式A證書由受惠國出品商填制申報，受惠國簽證機構審核，證明及簽發。