壹、社會風險：部隊住房存在的最大的問題是缺少公平公正，在王守業、谷俊山之流主政總後營房部期間，貪腐嚴重，留下很多後遺癥，讓繼任者舉步維艱。王、谷利用職權之便，在分管建設和分配住房上搞暗箱操作和利益輸送，以致上行下效。壹些單位將軍產房私自轉讓給地方人員（轉讓使用權），或建造集資式公寓房的怪胎。王、谷在制定清房政策上，缺乏整體規劃和政策的統壹性，出現明顯的前後矛盾和不嚴謹，而且與上位法也產生沖突，讓基層部隊執行起來各自為政，無所適從。
在清理住房中，很多單位清理住房只撿軟的捏，對集資公寓房和轉讓使用權的軍產房等硬骨頭不敢動，不敢啃，讓其他被清理的對象深感不公，有損部隊威信，引發軍轉人員對部隊和社會的不滿，損害軍民關系，也易造成群體性事件。同時，部隊清房對現役軍人也是壹種傷害，相比較地方公職人員，絕大部分地方公職人員都能依靠所在單位獲得福利房，而軍轉幹部在部隊奉獻二十多年，僅存的公寓房也不能作為福利房居住，尤其是在北上廣這些大城市，更是明顯。近期在網上大量傳播部隊清房等負面新聞進行是很好的例子。
二、法律風險：
是關於政策溯及力問題。很多部隊幹部住進公寓房都是在總後營房部出臺公寓房管理規定之前，後出的政策對以前的行為沒有約束力，因為很多幹部當初住進公寓房時不知道有這個清房政策，況且有的單位還存在買賣軍產住房使用權的，導致很多幹部認為公寓房是可以長期居住的。
是關於動用兵員清理住房問題。總政要求必要時采取行政和法律手段清理住房，這個政策制定時把握得很到位，行政手段是對內部人員進行約束，法律手段是對外部人員進行約束的，但絕沒有規定可以動用兵員進行強清的手段。部隊戰士沒有清房的職責，他們不是強拆隊，不代表公權機關，否則就是違規違法，涉嫌濫用職權，有損部隊形象和軍民關系。