《水經註》對地名學的貢獻也很大。地名學是壹門研究地名的學科，它研究地名的形成、發展變遷，以及地方命名的原則和得名的淵源。在《水經註》以前的古地理書中已經出現了許多地名，但與《水經註》相比都只能望其項背。《水經註》中記載的地名據統計達2萬左
右，這是前所未有的。
河流地名是各類地名中最多的，占全書地名的五分之壹。江在古代專指長江，河專指黃河，這是專稱，後來都成為通稱。北方河流後來多稱“河”，而南方河流多稱“江”，其他河流稱“水”，人工開鑿的河流又多稱為“渠”。
《水經註》還擔負著解釋地名的工作，它解釋的地名***達2400處。其內容非常豐富多彩，可謂洋洋大觀。自《水經註》以後，對地名淵源的研究分析，逐漸成為我國壹切地理書中的必備內容。《水經註》的貢獻尤為卓著，豐富了地名學的研究內容。