壹般有如下的原因：
1、轉設後的珠海科技學院失去了吉林大學的名頭。招生與就業或許是受到不利影響較大的方面，招生分數線由於沒有了985高校名頭的加持應該會出現下降的趨勢。
此外，就業方面由於畢業生在找工作時，由於新的校名知名度與認可度較低，加之失去了吉林大學珠海學院這壹已經培養多年形成的知名度，極有可能會對該校畢業生就業造成壹定困擾。
2、吉林大學珠海學院未能轉設成為公辦院校，壹般來講，大多數轉設後的獨立學院為民辦高校，不過也有極少數獨立學院變成公辦本科，比如湖南工業大學科技學院等。吉林大學珠海學院轉設後依然為民辦本科院校，其實與改革前差異不大，只是換了壹個校名而已。
如果轉設為公辦院校，或許就讀於該校的高昂學費會有所下降，此外公辦院校的畢業生等也更容易得到認可，更能夠吸引到優質的生源，學校也會得到政府的更多支持等等。
簡介：
珠海科技學院（Zhuhai College of Science and Technology），簡稱“ZCST”，坐落於廣東省珠海市，是由珠海市華政教育投資有限公司舉辦、教育部批準設立的民辦全日制普通本科高等院校。
入選廣東省碩士學位授予立項建設單位、廣東省首批普通本科轉型試點高校，獲批設立廣東省博士工作站，獲得廣東省文明校園、中國產學研合作示範基地、廣東省大學生創新創業教育示範校等榮譽稱號。
以上內容參考?百度百科-珠海科技學院