噶廈以下有兩個主要的辦事機構： 意為審計處，管理著財政和俗官、貴族的事務，也負責發布政令。西藏的每壹個貴族，有多少莊園，應向政府納多少稅，出幾個兵，都由仔康管理。同時它負責培訓貴族子弟，凡貴族子弟出任官職，必須先在仔康登記，然後接受訓練，經過兩三年的訓練才能得到職位。仔康設有孜本四人，都是俗官，官位四品。噶倫出缺時俗官噶倫多半從孜本中選任，僧官噶倫則在大仲譯中選任。
除“譯倉”和“仔康”外，政府行政各機關的官員都是僧俗配制，在各基恰（相當於地區），各宗（相當於縣）等地方官中也是如此。
噶廈的其他機構還有馬基康（即藏軍司令部）、朱頗列空（糧務局）、索朗列空（農務局）、門孜康（醫藥歷算局）等部門。地方行政建制最大的是基恰，相當於壹個行政區。每基恰設有基恰壹人或兩人，意為總管。總管都是由四品以上的僧官或俗官擔任，三四年為壹任。任職期滿後或調職或留任，由噶廈決定。在基恰中，以昌都總管為最大。因為出任昌都總管的都是噶倫，較其他總管的地位高，權力大，通常昌都總管都被稱為“昌都噶廈”。
基恰以下是宗，貴族、寺廟莊園的轄地稱為“溪卡”，較宗小（也有的溪卡和宗在行政上同級），設溪堆。宗本的品級較高，溪堆的品級較低。噶廈把宗、溪分成三等：壹等宗由五品官任宗本，僧俗各壹，二等宗、溪的宗本、溪堆由六品官擔任，僧、俗各壹；可只設壹個宗本（溪堆），僧俗輪流；三等宗、溪由七品官擔任宗本（溪堆），壹般為壹人，僧俗均可。
西藏社會政治制度等級森嚴，被壹種特殊的政教合壹的官吏制度統治著，廣大農奴和奴隸處於無權的地位。