宋太祖乾德二年（964年），朝廷又賜慈壽禪寺莊田20頃為寺產，贍養寺僧。宋仁宗景祐初年（1034年），對寺院又進行了全面擴修，並建起了放目亭、雲濤亭、蒼霞亭、蘇綠亭、石屏軒、松風閣、雲臥堂、白雲堂、海月堂、延壽堂、西來室、幻如室、凈居室、放光室等等。常住僧人數百。元至元二十四年（1287年）寺毀於火災。至元二十六年（1366年）住持深公重建殿堂，恢復舊觀。元朝末年又毀於戰火，僧眾散盡。 明太祖洪武十壹年（1378年），住持道傑重建法堂，後續建祖殿。洪武三十壹年（1398年），住持湘江法師集資建香積廚、齊堂及廂房。成祖永樂九年（1411年），住持永清法師重修毗盧閣、輪藏閣、鐘鼓樓，後壹行法師重建大雄寶殿。至宣德八年（1433年），慈壽寺擁有殿堂僧房三百多間，重現閩中名剎風采。嘉靖年間（1522-1566年），慈壽寺遭到三次破壞，寺院被毀，僅輪藏殿和鐘樓幸存。清朝時，寺院壹直衰敗，未能恢復明朝初年的規模，光緒十壹年（1885年），住持通源法師手敲木魚，四處募化，重修了大雄寶殿。今天在大雄寶殿還掛著這樣的楹聯：“伏虎初興慈壽寺，敲魚重振古囊山”。1908年，源智、慧賢法師相繼興建禪堂、齊堂、庫房、客室、鐘鼓樓、伽藍殿、祖師殿、功德堂及左右兩廊。1932年住持化光及證明、妙義法師又重建方丈室和山門。這些建築都采用磚木混合結構，至今保存完好。 1949年後，人民政府十分註意囊山慈壽寺的保護和維修工作，支持僧眾按照佛教叢林規章管好這壹千年古剎。1951年，在海外僑僧資助下，修建了辟支巖塔，創建荼毗場，增建了藏經閣。1956年，住持化光法師主持樹立了《囊山慈壽禪寺歷代中興碑記》。到“文革”前，寺中仍住僧三十余人。“文革”中，僧眾流散，停止了佛事活動。十壹屆三中全會以後，宗教政策得到恢復和落實。1981年，囊山慈壽寺經政府批準作為佛教活動場所重新開放，僧人重新回到寺內，過著正常的宗教生活，同時募集資金，重塑佛像，對殿堂進行全面修復。1983年，慈壽寺被列為漢族地區全國重點寺院後，加快了修復的步伐。23名僧人發揚“農禪並重”的優良傳統，耕重田地、看護山林，開墾耕地。