在清朝，貧民出身的海盜張保仔，出沒於廣東沿海各島，劫富濟貧，成立紅色幫，抗擊清軍。降清後，把大量金銀珠寶秘密地埋藏於各島，南鵬島也是其盤踞的島嶼之壹。後來，南鵬島被日軍侵占，以形成島嶼圍攻大陸之勢。當時日軍發現島上有豐富的鎢金礦（鎢是制造武器必須的金屬），便強迫當地大陸居民在島上開采，並興建房屋和堡壘，又在山上挖掘多條戰壕以便抵禦和防守。解放後島上由解放軍駐守，後來擔心有人霸島為王，非法開采鎢礦，便把礦洞和堅固的堡壘給炸了。島上興旺時期島上曾有12 000人居住。島上曾有學校、電影院、民居等建築，但數十多年前已經荒廢了，至今還保留著那些頹垣斷壁。
如今島上還新設南鵬島旅遊辦公室，設有風力發電站，可以為遊客提供電能。島上還新設有停靠漁船的碼頭，可停泊20~30頓噸級左右的漁船。