南堂是北京歷史最為悠久的壹座教堂，它是在明萬歷三十三年由意大利籍傳教士利瑪竇興建的，早期的南堂名叫宣武門禮拜堂規模非常小，是壹座中國傳統建築，僅在形目位置安放了壹座十字架以表示其天主教堂的身份。 康熙四十二年，宣武門天主堂重修工程開始，十年之後壹座歐洲風格的高大建築落成，這是北京城內繼蠶池口天主教堂之後第二座歐洲風格的建築。
康熙五十九年，北京發生地震，南堂建築在地震中遭到損毀，次年葡萄牙國王斐迪南三世出資重建宣武門天主堂，重建的南堂采用了當時在歐洲非常流行的巴洛克式建築風格，建築平面取十字形，長八十尺，寬四十五尺，教堂屋頂做穹窿狀。
雍正八年南堂再次在地震中損毀，中國的雍正皇帝專門賜銀壹千兩用於南堂的重修，重修後的南堂延續了原先的巴洛克式建築風格，門窗屋頂皆用穹窿設計，顯得更加敞亮和氣派。 1979年12月21日天主教三自愛國會主教傅鐵山在宣武門天主堂接受神職，成為文化大革命後天主教宗教活動在大陸恢復的壹個標誌性事件，同時也標誌著南堂再次成為天主教北京教區的主教座堂，目前天主教北京教區行政管理所就設立在這裏。