長青保護區是在原陜西省長青林業局的基礎上建立的，長青林業局於1967年經國家計委批準建立，1968年開始籌建，1971年正式投產。
1979年5月，經林業部批準將長青林業局內嶽壩、大古坪林場劃出，建立佛坪國家級自然保護區。
1980年8月，經陜西省人民政府批準將長青林業局內龍草坪、西岔河林場分出，建立省龍草坪林業局。
1992年國家計委以計農經（1992）991號文件批復建立長青自然保護區，由於政策、資金、技術等問題未能實施。
1993年，在北京大學潘文石教授等科學家的呼籲下，在全球環境基金（GEF）的支持下，經國家林業局、林業廳等政府部門和長青林業局的***同努力，終於將長青林業局轉產安置建立大熊貓保護區，納入了GEF項目在中國計劃開展的“中國自然保護區管理項目”。
1994年經陜西省人民政府批準建立的以保護大熊貓及其棲息地為主的“森林和野生動物類型自然保護區”；
1995年經國務院批準晉升為國家級自然保護區。