1、藥物治療：如果自閉癥兒童出現沖動、打人、毀物、強迫、精神病性癥狀等精神行為問題，可以考慮使用藥物治療，常用藥物主要有中樞神經興奮劑如匹莫林、抗抑郁藥物如舍曲林、抗精神病藥物如利培酮等。但是藥物治療還無法完全根治自閉癥，也無法逆轉病程進展，並且使用的藥物通常具有較大副作用，如引起嗜睡、發胖等，所以服用藥物時需聽從醫師指導；
2、行為矯正：針對自閉癥的不良行為進行矯正，例如針對兒童的哭鬧不止行為，由受過訓練的專業人員制定相應的行為矯正方案，通過專業人員、父母、兒童的***同參與，利用行為治療的方法，如消退、獎賞、強化、負強化、模仿等，讓兒童提高情緒自控能力、語言表達能力、交流能力，從而減少不良行為；
3、感覺統合訓練：訓練器材有按摩球、平衡觸覺板，該訓練涉及心理、大腦和軀體之間的關系，兒童在訓練過程中逐漸熟練，增強自信心和自我控制力，由原來的焦慮情緒變為愉快。感覺統合訓練特別適合自閉癥兒童，並適用於存在愛哭、膽小、缺乏自信、不敢表達、情緒化、怕陌生人、怕人觸摸、發音不正確、偏食、挑食、註意力差等問題的兒童；
4、中醫治療：研究發現通過中醫治療可以治療自閉癥，提高自閉癥兒童的自理能力，例如對兒童進行頭針以及體針治療，同時配合推拿按摩治療。在針灸推拿過程中，根據兒童的不同癥狀，隨癥加減穴位選擇。另外有研究發現，應用醒神開竅頭針療法治療自閉癥效果較好，使兒童的語言能力、社交能力得到壹定提升；
5、物理治療：對自閉癥也有較好的療效，例如經顱磁刺激，可以提高自閉癥的粗大運動、手眼協調、視覺表現及實際推理等能力；
6、音樂治療：將音樂治療應用於自閉癥的治療中，可以有效提高自閉癥兒童的認知功能，刺激其認知功能進壹步發展。例如讓兒童跟隨音樂節奏打節拍，引導兒童隨著音樂刺激跳舞，或隨音樂節奏的變化做出相應反應。可以刺激自閉癥兒童的感知覺，使其註意力集中，並穩定兒童情緒，使其停止哭鬧、煩躁。同時，音樂治療在增加自閉癥兒童的語言表達能力、社交能力方面，也有重要作用；
7、美術治療：兒童通過接受美術治療，可以鍛煉手部精細動作，在團體美術治療中能夠培養兒童的社交能力，故美術治療不僅可以促進心理發展，也有利於生理發展以及社會適應力發展。研究表明，自閉癥兒童的註意力會在使用直尺、膠棒、剪刀的過程中得到鍛煉，通過拿、握、捏、撕等基本動作的練習，註意時間增長且趨於穩定。經過團體美術治療後，自閉癥兒童在社交性溝通、面部加工、遊戲活動等方面壹般有明顯改善。對於自閉癥來說，繪畫可作為壹種語言用於交流，通過繪畫表達出自己內心的真實想法，有利於內部語言的發展。美術治療所塑造的輕松愉悅的氛圍，使得兒童可以在自由作畫的過程中敞開心扉，主動進行交流。
自閉癥完全治愈是較大的難題，若能及早發現、及早幹預訓練、及早治療、使用多種治療方案進行聯合治療，很多自閉癥兒童還是有機會恢復壹定程度的社會功能。