Windows虛擬主機系統和LINUX虛擬主機系統都有自己的優勢。眾所周知的是Windows虛擬主機系統操作比較簡單，LINUX虛擬主機系統的安全性比較高但是操作比較復雜，如果對LINUX虛擬主機不熟悉的朋友還是建議使用Windows虛擬主機的操作系統，因為LINUX虛擬主機系統操作起來確實很繁瑣，自己研究的話花費時間過多。
同時Windows虛擬主機系列提供了較大的靈活性，支持ASP、ASP.NET等語言。程序設計多為ASP語言和ASP.NET語言，較為簡單，會使用者眾多，網站開發成本也較低。同時，此主機提供對ACCESS、SQL SERVER等數據庫的支持，為數據存儲提供了很大的便利。UNIX主機系列壹般操作系統以BSD和LINUX虛擬主機居多，支持PERL、PHP等語言，數據庫使用MYSQL。穩定和開放性，是UNIX虛擬主機的最大優勢。