秦檜的下場是秦檜最後是病死的。
趙令衿看秦檜所作的《家廟記》，順口說出“君子之澤，五世而斬”，被人告發；禦史徐喜揭發趙鼎之子趙汾與趙令衿關系密切，被送入大理寺。
秦檜深恨趙鼎、張浚和胡寅，此時趙鼎已死，遂讓趙汾自誣與張浚、胡寅謀劃叛亂，想將他們壹網打盡，受牽連者達五十三人。案成後，秦檜因病重不能寫字。
開禧二年（1206年），宋寧宗下詔韓侂胄出兵北伐，四月，追奪秦檜王爵，改謚謬醜。嘉定元年（1208年），史彌遠掌權，積極奉行降金乞和政策，又恢復了秦檜的申王爵位及忠獻謚號。
人物經歷
紹興十壹年（1141年）二月，兀術再次南下，宋將邵隆、王德等連戰皆捷，收復商州、廬州等地。三月，秦檜傳諭張俊、楊沂中、劉锜班師，濠州失陷，金兵北還。
四月，秦檜密奏高宗“論功行賞”，收回諸將兵權，韓世忠、張俊、嶽飛相繼回朝，分別被任命為樞密使和副使，高宗撤掉三個宣撫司。
十月，秦檜讓諫官萬俟卨彈劾嶽飛，張俊又誣告嶽飛部將張憲謀反，嶽飛父子被押送大理寺。十壹月，金帥兀術派蕭毅等到臨安，宋金簽訂紹興和議。
十二月，因嶽飛在議和、立嗣等問題上和自己沖突，秦檜便誣告嶽飛曾說自己和宋太祖都是三十歲任節度使，謾侮先皇、意圖謀反，又以受詔不救淮西等罪名，將嶽飛賜死獄中。