第二天希達在巴魯的房間裏醒來，發現房裏有壹張“天空之城拉普達”的照片。這是巴魯的父親歷盡艱險才拍到的真正的天空之城，但除了斯威夫特之外，沒有人相信他。於是父親在郁郁寡歡中去世了。為了父親的遺憾，巴魯發誓，壹定要向他人證實，世上真的有天空之城存在！
嗅覺靈敏的海盜很快就找上門來了，軍方也找到了他們。接下來就是壹段令人眼花繚亂的追捕與逃跑鏡頭，最後二人在眾目睽睽之下掉入萬丈深的礦井，希達戴的飛行石又壹次發光，令二人安全飄落。礦井中，飛行石和井下的礦石發生了***鳴，湯姆爺爺告訴他們原來這裏曾是開采飛行石原料的地方，但提煉飛行石的技術，傳說只有拉普達人才掌握著。
二人剛出礦井，希達告訴巴魯，在她繼承飛行石時也繼承了壹個名字，羅希達·多耶魯·烏魯·拉普達。但兩人很快就被軍隊的人抓住了。希達被帶往要塞，在那裏，壹個叫穆斯卡的人給希達看壹個巨大的機器人，說這個機器人是從天空之城上掉下來的，憑當時的科技無法令它再啟動。當天晚上，希達念起祖輩所流傳的尋求幫助的咒語，飛行石發出光芒，令機器人再次活起來，整個要塞變成火的海洋。
巴魯趁亂和海盜達成聯盟飛入要塞救出了希達。匆忙中希達丟失了飛行石，而穆斯卡得到了寶石，命軍隊按照寶石上聖光的指引，飛向天空之城。另壹方，海盜媽媽從希達的記述中算出了天空之城的方位，帶著希達二人乘海盜飛艇也朝著天空之城全速前進！天空之城
即將到達之時，忽然前方出現龍卷風，他們的飛艇和穆斯卡的艦艇又狹路相逢，交戰中巴魯和希達的滑翔機被卷入龍卷風裏。龍卷風的中心，正是傳說中的“ 天空之城拉普達空之城laputa” ！
這裏是被上帝拋棄的領域，自然的恐怖與眾神的憤怒在這裏集結，飛越濃重的黑暗，在縱橫飛嘯的電光中，穿過閃電的回廊，突破生與死的界限，命運之門再次敞開在少年的面前……這兒是寂靜的天堂，只有機器人值守的空中都市，植物和遠古生物的家園。
宮崎駿的作品中，科學技術最好的地方就是沒人居住，在柯南的“未來世界”以及“天空之城”中都是如此。反之，“風之谷”中為生存而奮鬥著的人們雖然只有古老的技術，但卻是機器的主人，《天空之城》裏的飛行海盜們也是這樣。
穆斯卡抓住了海盜們，也來到了拉普達，他迫使希達和他壹起進入中央控制室，啟動黑石碑上的文字，企圖以天空之城開始他稱霸世界的野心。希達搶回飛行石，為了阻止穆斯卡，她和巴魯壹起念起了毀滅壹切的咒語：巴魯斯。拉普達解體，邪惡和助紂為虐的武器系統壹同化為大氣層的火球墜入雲海中，而使拉普達漂在空中的巨大飛行石結晶載著拉普達的生命之樹，上升到天空的盡頭，最終希達和巴魯在飛行海盜們的幫助下回到了地面。