親鄭芝龍受大明朝廷招安任官之後，鄭成功才被接回泉州府南安縣石井津（原福建省晉江縣安平鎮，現安海鎮）居住讀書，該處現為成功小學校址。
明崇禎十壹年（1638年），鄭成功考中秀才，又經考試成為南安縣二十位“廩膳生”之壹。
崇禎十四年（1641年），迎娶福建泉州惠安進士禮部侍郎董飏先侄女。
崇禎十七年（1644年），鄭成功為求深造進入南京國子監就讀，拜入江浙名儒錢謙益門下；錢謙益為了勉勵鄭成功乃替他起“大木”之別字。
同年，李自成攻破燕京，崇禎帝自縊於煤山，大明帝國滅亡；隨後吳三桂引清軍入關，擊敗李自成進駐北京城。大明遺臣遂於南京擁立福王朱由嵩登基，於隔年（1645年）改元“弘光”。 弘光元年（1645年）五月，清朝豫親王多鐸率軍南下，破揚州、南京，史可法等人殉國，弘光帝被俘，殺之。弘光政權滅亡。
1645年大明弘光朝覆滅後，鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟於福州擁戴唐王朱聿鍵稱帝，於
當年七月改元“隆武”。同年稍後，魯王朱以海亦稱監國於紹興，改隔年為“魯監國元年”。隆武、魯監國兩政權雖皆“矢誌恢復”，卻彼此矛盾、沖突不斷，各行其是。
隆武元年（1645年），鄭成功得隆武帝賞識，封忠孝伯、禦營中軍都督，賜國姓、改名“成功”、儀同駙馬；鄭鴻逵之子鄭肇基，亦受隆武帝賜國姓。這就是人稱鄭成功為“國姓爺”的由來；鄭肇基因為年紀較小，人稱“小國姓爺”。
隆武二年（1646年）起，鄭成功即開始領軍，多次奉命進出閩、贛與清兵作戰，頗受隆武帝的器重。然而真正握有軍政大權的鄭芝龍，卻無意全力抗擊清軍，甚至在清軍南下福建的時候，命令仙霞關守將施福（又名施天福，施瑯族叔）將軍隊撤回福州。此舉導致清軍攻入閩北時幾乎沒有遭受抵抗。
貳臣洪承疇為鄭芝龍同鄉，在其承諾給予三省王爵的利誘下，鄭芝龍不顧鄭成功、鄭鴻逵等人的反對，決意帶著其他幾位兒子北上向清軍投降。鄭成功勸阻父親不成，只好帶著部分兵將出走金門。鄭芝龍本以為投降清軍之後不但得保家業，還能加官晉爵；不料清軍將領博洛背約，不但將鄭芝龍與諸子壹同挾往燕京，更出兵攻打鄭家的故鄉閩南南安。鄭成功之母田川氏當時已從日本搬至南安定居，卻不幸碰上此次劫難，於戰亂中自縊身亡；鄭成功得知母親死後，更加堅定了自己抗擊建虜的決心。
隆武二年八月，清軍攻克浦城、霞浦，隆武帝出奔江西，卻在汀州遭清軍俘虜，之後絕食不屈而亡。