1、二者意義不同
項目申請報告是企業投資建設應報政府核準的項目時，為獲得項目核準機關對擬建項目的行政許可，按核準要求報送的項目論證報告。
項目建議書是由項目籌建單位或項目法人根據國民經濟的發展、國家和地方中長期規劃、產業政策、國內外市場、所在地的內外部條件，就某壹具體新建擴建項目提出的項目的建議文件，是對擬建項目提出的框架性的總體設想。
2、二者內容不同
項目建議書是為發現市場投資機會提出項目(立項準備)所作的研究分析，主要是論證項目的必要性和建設條件是否具備。
企業投資項目可行性研究報告主要對市場預測、廠址選擇、工程技術方案、設備選型、投資估算、財務分析、企業投資風險分析，以及是否符合國家有關政策法規要求等進行研究論證，回答企業所關心的各類問題。
3、二者目的不同
項目建議書是為了得到可行性研究報告，附上市場調查報告、廠址選擇報告、地質勘查報告、資源調查報告、環境影響評價報告和自然災害預測資料等文件。
項目申請報告不是對企業項目從自身角度是否可行所進行的研究，而是在企業認為從企業自身發展的角度看項目已經可行的情況下，回答政府關註的涉及公***利益的有關問題，目的是為了獲得政府投資管理部門的行政許可。
4、二者作用不同
項目建議書決策者可以在對項目建議書中的內容進行綜合評估後，做出對項目批準與否的決定。
項目申請報告是基於國家宏觀政策規劃、國家和地方中長期規劃、產業政策，分析項目設立的政策背景，該報告的核心價值是：
（1）作為項目主審機構批復項目執行的依據；
（2）作為項目後期開展編制其他論證文件的依據；
（3）作為企業執行項目後期工作的依據。
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