壹、本質不同
過境：是以某種運輸工具從壹個國家的境外啟運，在該國邊境不論換裝運輸工具與否，通過該國家境內的陸路運輸，繼續運往境外其它國家。
轉運：是以某壹種運輸工具從壹國境啟運，在該國境內設立海關的地點換裝另壹運輸工具後，不經過該國境內陸路繼續運往其它國家。
通運：是以船舶或飛機裝載從壹國境外啟運，經該國設立海關地點不換裝運輸工具，繼續運往其它國家。
二、運輸工具更換不同
過境可以換裝運輸工具，也可以不換；轉運通常是在運輸途中需要換裝另壹運輸工具；通運是在整個運輸途中，不換裝運輸工具。
三、通關手續不同
1、過境：在辦理通關手續時，進出境手續如下：
（1）進境。進境時，經營人應填寫“過境貨物入境報關單”向如精細海關申報，並提供過境貨物運輸單據。入境地海關核實後，在有關運單上加蓋“海關監管貨物”戳記，將壹份報關單和貨物裝載清單制作關封，連同運單交給經營人。經營人或承運人應將入境地海關簽發的關封完整及時的帶交出境地海關。（2）出境。過境貨物出境，經營人應填寫“過境貨物出境，經營人應填寫“過境貨物出境報關單”並提供過境貨物運輸單據和入境地海關簽發的關封。出境地海關核實後，在運單上加蓋放行章，監管貨物處境，並將壹份過境貨物出境報關單寄送入境地海關核銷。
2、轉運貨物的通關手續如下（具備下列條件之壹的貨物可準予辦理轉運）：持有通運貨聯運提單的、進口載貨清單內已註明是轉運貨物的、持有普通提單但於起卸已向海關聲明轉運的、誤卸的進口貨物，經運輸工具經理人提供確實證件的、因特殊情況有申請轉運，經海關核準的。
在有轉運貨物的運輸工具進境後，運輸工具負責人應填寫“外國貨物轉運準單”向海關申報，提供列命轉運貨物的名稱、數量、起運地和到達地等內容的“進口載貨清單”，經海核實時候，轉運貨物在海關監督下換裝運輸工具，並在規定時間內出境。
3、通運貨物的海關手續為：
裝載有通運貨物的運輸工具到達我國第壹個口岸辦理國際運輸工具進境申報手續時，運輸工具負責人應在向海關申報的《國際航行船舶進口報告書》或“國際民航飛機進口艙單”上註明通運貨物的名稱、數量。海關對申報內容核實後，監管有關通運貨物出境。
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