1、防禦蒙古
隆慶初年，給事中吳時來以薊門多警，請召大猷、繼光專訓邊卒。部議獨用繼光，乃召之。二年五月命以都督同知總理薊州、昌平、保定三鎮練兵事。
這樣戚繼光再次來到他年輕時曾經戍守之地，直到萬歷十壹年被調往廣東。這十幾年時間，他為明朝長城防禦體系的最終完善以及抵制蒙古族入侵，做出了不可磨滅的貢獻。
2、岑港之戰
嘉靖三十六年（1557年），倭寇進犯樂清、瑞安、臨海等地，戚繼光率軍前往救援，但因為道路隔絕而沒有來得及，朝廷也因此不治戚繼光的罪。
而後，汪直余黨作亂於岑港，戚繼光與俞大猷兩軍會合，前往圍攻。但很長時間都沒有攻下來，於是朝廷將戚繼光、俞大猷等人全部罷免，讓其帶罪殺敵。駐守在岑港的倭寇抵禦不住戚繼光與俞大猷的進攻，於是打算逃走。
嘉靖三十七年（1558年），倭寇造好了大船，準備駕船夜遁，俞大猷和戚繼光趁機發動進攻，擊沈倭寇大船，余黨向閩南逃竄。從岑港逃走的倭寇又在臺州燒殺搶掠，給事中羅嘉賓等人彈劾戚繼光故意放走岑港的倭寇，有通倭的嫌疑。正要準備治罪，戚繼光卻因平定汪直的功勞而復官，讓戚繼光守衛守臺、金、嚴三郡。
戚繼光到浙江赴任後，發現衛所的將士作戰能力壹般，而金華、義烏的人比較彪悍，於是戚繼光前往招募了三千人，在戚繼光的指導訓練下，將其練成壹支精銳的部隊，後稱“戚家軍”。戚繼光根據南方多沼澤的地理特點制定陣法，又給他的部隊配備火器、兵械、戰艦等裝備，戚家軍因此名聞天下。
3、臺州之戰
嘉靖四十年（1561年），倭寇大舉進攻桃渚、圻頭等地，戚繼光率軍扼守桃渚，於龍山大破倭寇，戚繼光壹路追殺至雁門嶺。倭寇遁走之後，趁虛襲擊臺州，戚繼光壹馬當先手刃倭寇首領，余黨走投無路，全部墜入瓜陵江淹死。而圻頭倭寇竟又來侵犯臺州，戚繼光率軍於仙居將其全殲。?
臺州大捷後，戚繼光官升三等。而後，閩、廣壹帶的倭寇流入江西壹帶作亂，總督胡宗憲無法平定，於是讓戚繼光來增援，戚繼光率軍於上坊巢將其擊破，倭寇奔走建寧，戚繼光引軍回浙江。
4、福建之戰
嘉靖四十壹年（1562年），倭寇進犯福建，並聯合福寧、連江等地的倭寇，先後攻陷壽寧、政和、寧德等地，從廣東南澳方面侵略的倭寇聯合福清、長樂的倭寇攻陷玄鐘所，並進犯龍巖、松溪、大田、古田、莆田等地。
戚繼光平定福建倭患後班師回浙江，行至福清，遇見少量倭寇從東營澳登入，戚繼光率兵急攻，斬首兩百人。經過幾番戰鬥，閩廣壹帶的倭寇幾乎被戚繼光殺光。
5、興化之戰
戚繼光回到浙江後，從日本國本土而來的新的倭寇又伺機侵略，他們人數日益壯大以後，襲擊興化，但圍攻了好幾個月都沒有攻下來。而此時劉顯派了八個人帶著書信到興化傳達信息，被倭寇攔殺，倭寇就換上劉顯使者的服飾騙開城門，趁機攻陷了興化城。
嘉靖四十二年（1563年），朝廷以譚綸為右僉都禦史，巡撫福建前來支援，而都指揮歐陽深卻中了倭寇埋伏搏戰而死，倭寇遂占據平海衛。四月，戚繼光率領浙江兵前來支援。
戚繼光到後，譚綸立刻籌備對倭寇的總攻，先在各海道上環立柵欄阻斷倭寇歸路，而後譚綸以劉顯為左軍，俞大猷為右軍，譚綸自領中軍，以戚繼光為先鋒，圍攻平海衛，壹舉告破，斬首兩千余級，戚繼光等率兵追擊，倭寇道路不通，又被斬殺三千多人。
於是劉顯等復興興化。朝廷以戚繼光先前橫嶼大戰，錄前後戰功，以戚繼光為都督同知，世廕千戶，代替俞大猷為總兵。