栽培食用菌的方法主要有生料栽培、發酵料栽培和熟料栽培。
1、所謂生料栽培，就是將培養料加水攪拌均勻後不再滅菌或發酵而直接接種，然後在適宜環境條件下發菌出菇。目前可以生料栽培的種類只有平菇、草菇和大球蓋菇，其他種類都不能生料栽培。
2、發酵料栽培是將各種原料拌勻後，按壹定規格要求建堆，堆積發酵，當堆溫達壹定要求後，進行翻堆，壹般要翻3～5次，然後在自然條件下接種，在適宜環境條件下發菌出菇。凡可生料栽培的種類都可進行發酵料栽培。必須使用這壹方法的都是蘑菇屬的各種，如雙孢蘑菇、大肥菇、巴氏蘑菇（姬松茸），草菇、平菇、雞腿菇等也常應用此法。
3、熟料栽培是指將培養料裝入壹定大小的容器，常用塑料袋，然後進行常壓或高壓滅菌，將培養料內的生物全部殺死。冷卻後經無菌操作接種，在適宜環境條件下發菌出菇，如香菇、杏鮑菇、金針菇、木耳、銀耳、白靈菇等都是這樣栽培的。
食用菌栽培農藥的註意事項
1、知藥選藥
食用菌生產用藥前應先熟悉農藥的性質，應了解殺蟲劑和殺菌劑兩大類的區別，分別用於防治蟲害和病害，不能互換。殺蟎劑不能替代殺線蟲劑。要熟悉農藥的理化性質、作用特點、使用方法、濃度與噴灑時間等。
2、要對癥下藥
食用菌發生眼蕈蚊、糞蚊，棚室500倍敵百蟲對菇蠅類的成蟲、幼蟲有特效，但對蟎類殺傷力差。平菇對敵敵畏敏感，濃度稍大就可能產生藥害，最好改用敵百蟲或辛硫磷。雙孢菇對敵百蟲敏感，最好改用敵敵畏。如果有蚊蠅類和蟎類同時發生，用辛硫磷和殺蟎劑混配效果較好。
3、使用濃度合理
食用菌生產中要根據藥劑種類、病蟲害、食用菌不同生長階段，確定用藥濃度。壹般播種前堆料及菇房物料消毒用藥範圍和濃度相對大壹些，播種後及出菇前用藥要嚴格控制在安全範圍之內，子實體階段濃度應更低壹些。
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