壹、套利交易過程中因為某個交割月份出現單邊行情而可能被強制減倉的風險
套利交易的基本原則是交易者同時進行數量相同、方向相反的交易，同時平倉並同時開倉。但按照股指期貨風險控制管理辦法，當某個交割月份出現連續單邊行情時，交易所有權對該合約的持倉實行強制減倉。由於股指期貨收盤的時間比股市晚15分鐘，如果在股市收盤後，股指期貨市場啟動了交易所強制減倉措施，由於交易所執行股指期貨的強制減倉對套利頭寸並沒有優惠待遇，那麽在股指期貨市場持有的套利頭寸就有可能會被交易所強制減倉。如果套保者或期現套利者的期貨頭寸被強制減倉，就會導致股票現貨頭寸的風險暴露。
二、由於保證金追加不及時而被強行平倉的風險
套利交易需要在期現市場、同壹個市場不同交割月份、同壹市場相關交易品種或者同壹品種不同交易市場同時進行方向相反的交易，由於截止到目前為止國內股指期貨交易規則中並未對套利交易在手續費和保證金方面給予優惠，因此套利交易相對於單純的投機在交易保證金和手續費方面成本要增加壹倍。此時，如果股指期貨出現行情大幅波動，無論交易所提高保證金水平還是套利交易者彌補浮動虧損都需要追加大量的保證金，此時，套利交易者追保的壓力要明顯大於單純的投機交易，如果該套利交易者不能及時將保證金追加到位，該交易則面臨某個交割月持倉被強制平倉的風險，壹旦某個合約被強制平倉，另壹個期貨合約就變成單向投機交易，套利交易者就需要承擔相應的投機風險。
三、套利交易過程中可能產生較大的沖擊成本，沖擊成本可能沖抵套利利潤甚至導致套利出現虧損
跨期套利交易者需要在同壹個市場上兩個不同交割月份上同時進行數量相同、方向相反的交易，從目前國外股指期貨的實際運行情況看，股指期貨往往集中在某壹個交割月份，其他交割月份交易往往比較清淡。在股指期貨個別交割月流動性出現不足時，如果在該月份交易可能出現要麽不能及時成交、要麽成交價格距離自己的預想差距很大，這種情況可能會加大套利成本，影響到套利利潤，甚至導致套利出現虧損。
四、期現套利時，由於現貨股票組合與指數的股票組合不壹致可能產生模擬誤差
股指期貨市場上，期現套利是壹種主要的套利形式。準確的期現套利要求賣出或買進股指期貨合約的同時，在現貨市場上買進或賣出與其相對應的股票組合。但在實際操作過程中，兩者很難做到準確對應。
造成二者出現誤差的原因主要有以下幾個方面：
壹是組成指數的成分股數量太多，要模擬這個指數需要在短期內完成多只股票的買賣，實際操作過程中有很大的難度。
二是即使組成指數的成分股數量不是很多，但由於指數是以市值為比例構造的，但實際股票買賣的最小單位是100股，從而導致現貨的股票組合指數與指數的股票組合出現差別。
三是個別時期指數中個別成分股由於出現漲跌停板而無法買入或賣出，影響到現貨股票組合與指數股票組合的壹致性。
由於現貨股票組合和指數股票組合可能出現壹定差別，勢必導致兩者在未來的走勢或回報中不壹致，這導致從事期現套利可能出現模擬誤差。
五、程序化交易可能導致的交易損失
不同於單個月份的投機交易，套利交易者要利用兩個交割月份的價差變化賺取利潤。從理論上講，只有當某個交割月份的股指價格高於或低於兩個月份的正常價差水平時，跨期套利才有盈利的可能。但由於股指期貨市場上套利交易者的大量存在，這種套利機會稍縱即逝，機構投資者往往采用計算機程序進行跨期套利。
程序化交易盡管具有客觀性的優勢，但操作起來也有壹定的風險。首先，程序化交易的參數是在過去交易數據基礎上計算出來的，過去的交易狀況不能代表今後的股指期貨行情走勢；其次，程序化交易是以大概率事件為原則進行編制的，如果出現小概率事件，套利交易時采取程序化交易可能給交易者帶來雙邊虧損。
此外，按照當前的交易規則，當進行期現反向套利時，可能導致融券成本增加，加大套利交易成本。