（壹）、綜合進化理論
以自然選擇學說為核心的現代生物進化理論，其基本觀點是：種群是生物進化的基本單位，生物進化的實質在於種群基因頻率的改變。突變和基因重組、自然選擇及隔離是物種形成過程的三個基本環節，通過它們的綜合作用，種群產生分化，最終導致新物種的形成。在這個過程中，突變和基因重組產生生物進化的原材料，自然選擇使種群的基因頻率定向改變並決定生物進化的方向，隔離是新物種形成的必要條件。
1.達爾文進化論沒有闡明遺傳和變異的本質以及自然選擇的作用機理，而現代進化論克服了這個缺點。
2.達爾文的進化論著重研究生物個體的進化，而現代進化論則強調群體的進化，認為種群是生物進化的基本單位。
3.在達爾文學說中，自然選擇來自過度繁殖和生存鬥爭；而在現代進化論中，則將自然選擇歸於基因型有差異的延續，沒有生存鬥爭，自然選擇也在進行。
（二）、 新達爾文主義 新達爾文主義是德國動物學家魏斯曼提出的，魏斯曼、孟德爾、德弗裏斯和摩爾根等都是有影響的新達爾文主義者。他們組成了新達爾文主義學派。魏斯曼（August NeoDarwinism Weismann，1834～1914）反對達爾文的獲得性遺傳的思想，但同時又接受了達爾文自然選擇的壹般概念，並把這種選擇機制推廣到種質，提出了“種質論”，即生物體是由種質和體質組成的。種質是生殖細胞，體質是體細胞，因此，新物種的形成是由種質產生的，二者不能轉化。環境條件只能引起體質的改變而不能引起種質的變化，因此獲得性是不能遺傳的。孟德爾（Gregor Johann Mendel，1822～1884），奧地利遺傳學家，他提出了“遺傳因子說”，即控制生物性狀的遺傳物質是以自成單位的因子存在著。他們可以隱藏不顯，但不會消失。在減數分裂形成配子時，成對因子互不幹擾彼此分離；通過因子重組再表現出來。孟德爾的觀點說明了支配遺傳性狀的是因子，而不是環境。這與達爾文獲得性遺傳的說法顯然不同。德弗裏斯（Hugo De Vries，1848～1935），荷蘭植物學家，他提出了“突變論”，他認為進化不壹定像達爾文所講的那樣，通過微小變異（連續變異）而形成，他說變異可以是壹種不連續的，由突變引起而直接產生新種。顯然，在德弗裏斯看來，自然選擇在進化中的作用並不重要，只是對突變起過篩作用。摩爾根（Thomas hunt Morgan，1866～1946），美國細胞遺傳學家。他提出了“基因論”，他認為基因在染色體上呈直線排列，從而確立了不同基因與性狀之間的對應關系。這樣也就可以根據基因的變化來判斷性狀的變化了。摩爾根認為，生物的基因重組是按壹定的頻率必然要發生的，它的發生與外界環境沒有必然的聯系。並認為，這種變異壹經發生就以新的狀態穩定下來。因此獲得性狀是不遺傳的。 新達爾文主義學派盡管提出了“種質論”“基因論”“突變論”等，但也有許多地方引起了爭論。首先，新達爾文主義是在個體水平上研究生物進化的，而進化是群體範疇的問題。因此，這壹學說在解釋生物進化時，在總體上具有壹定的局限性。其次，新達爾文主義學派中的多數學者，漠視自然選擇學說在進化中的重要地位，因此他們不可能正確地解釋進化的過程。（三）、新拉馬克主義（neo-Lamarckism）
通常指以獲得性遺傳為主要機制的進化學說。19世紀後期討論進化機制、當魏斯曼批評獲得性遺傳觀點時，新拉馬克主義是作為新達爾文主義的對立面而出現的。新拉馬克主義不全是拉馬克觀點的繼續，它主要是企圖回答達爾文所未解決的變異起源問題。例如，新拉馬克主義者科普（E.D.Cope）就斷言，變異不是隨機發生的，而是環境誘發或是長期習慣的結果。按照他的觀點，自然選擇只能淘汰不適應的個體，而獲得性遺傳才是“最適者”起源的真正原因。美國的小帕卡德（A.S.Packard Jr）是首先使用“新拉馬克主義者”和“新拉馬克主義”這兩個名詞的學者。
（四）、中性學說
20世紀60年代以來，基於對蛋白質和核酸分子的進化改變的研究，分子進化論這門新興學科開始興起。最早提出分子進化中性學說（neutral theory of molecular evolution）的是日本學者木村資生(1968年)。1969年，美國學者金（J.K.King）和朱克斯（T.H.Jukes）也發表了主張中性學說的論文，名為《非達爾文主義進化論》（non Darwinian evolution）。
中性學說的中心論點是：分子層次上的生物進化不是由自然選擇作用於有利突變引起的，而是在連續的突變壓之下，由選擇中性或非常接近中性的突變的隨機固定造成的。這裏所說的選擇中性的突變是指對當前適應度沒有影響的突變。
（五）驟變論
驟變論的系統提出者是德弗裏斯（H. de Vires）。他在月見草的研究中得到許多新的變異類型，其中有的植株粗，有的特別短，有的葉脈呈紅色。他將這些變異稱為突變，認為突變是不連續的變異，並能直接產生新種，不必像達爾文所說的需要由微小的變異逐漸積累。現代的驟變論者主要是壹些古生物學家，他們通過對化石的研究發現，在進化史上，相當長的時間內處於進化較為沈寂的時期，新種的化石很少；有時大量的物種化石集中出現在較短的地質年代，如寒武紀大爆發