1、目的不同：
法庭調查的主要目的是查明案件事實，確定被告人的罪責；而法庭辯論的主要目的是在已經查明案件事實的基礎上，雙方當事人就證據的解釋和法律適用等問題進行辯論。
2、過程不同：
法庭調查是由法庭主持，檢察機關、辯護人、被告人等參與的過程，主要包括審查起訴書、傳訊被告人、審查證據、質證證人、鑒定人等環節；而法庭辯論是由辯護人和檢察機關進行的辯論，主要包括開場陳述、質證證人、辯論發言、總結陳詞等環節。
3、法官職責不同：
法庭調查是法庭主持的公正調查，法庭應當審查證據、質證證人、鑒定人等，確保案件事實的真實性和公正性；而法庭辯論是由檢察機關和辯護人進行的辯論，雙方應當就證據的解釋和法律適用等問題進行辯論，爭取自己的利益。
法庭調查的調查順序如下：
1、當事人陳述；
2、告知證人的權利義務，證人作證，宣讀未到庭的證人證言；
3、出示書證、物證、視聽資料和電子數據；
4、宣讀鑒定意見；
5、宣讀勘驗筆錄。
綜上所述，法庭調查和法庭辯論在刑事訴訟程序中有不同的職責和目的，但都是為了保障被告人的合法權益，確保刑事案件的公正審判。
法律依據：
《中華人民***和國民事訴訟法》第壹百三十八條
法庭調查按照下列順序進行：
（壹）當事人陳述；
（二）告知證人的權利義務，證人作證，宣讀未到庭的證人證言；
（三）出示書證、物證、視聽資料和電子數據；
（四）宣讀鑒定意見；
（五）宣讀勘驗筆錄。
第壹百四十壹條
法庭辯論按照下列順序進行：
（壹）原告及其訴訟代理人發言；
（二）被告及其訴訟代理人答辯；
（三）第三人及其訴訟代理人發言或者答辯；
（四）互相辯論。法庭辯論終結，由審判長按照原告、被告、第三人的先後順序征詢各方最後意見。