九頭蛇，當今人們多認為其起源於NAZIHYDRA，其實不然。NAZIHYDRA只是九頭蛇在長長的歷史長河的壹支分支，且不能算是正統的九頭蛇。NAZIHYDRA不過是紅骷髏追隨歷代九頭蛇理念創立的，並非正統的九頭蛇。
正統的九頭蛇組織與各個歷史分支***同存在，並默默資助各個分支的發展。正統的九頭蛇組織的起源相當早，約在1400年前，當時的地球出現了壹位強大的異能人，而這位異能人由於能力過強從而被送到了壹個遙遠的星球。而九頭蛇建立的目的正是讓這位異能人回歸。每壹時期的九頭蛇分支和總支，都要通過黑石傳送門（美劇神盾局特工第二季末出現的，吞噬耶瑪的石頭），向異能人所在星球輸送人，以期拯救或是服務異能人（即現稱“遠星計劃”）。
而NAZI HYDRA是神盾局的主要敵對勢力，曾經隸屬於二戰中的納粹德國（電影《美國隊長1》中後期與納粹德國分裂）；在後來在經歷壹次失敗後成功潛入神盾局（漫威宇宙中的正派組織），並在後來成功打敗神盾局並且迫使神盾局轉入隱藏。其標誌為骷髏頭與下方的蛇足，口號則是“Hail Hydra”（九頭蛇萬歲）和“砍掉壹個頭，再長出兩個頭”。
根據《神盾局特工》第三季第八集的劇情發展，九頭蛇的歷史或許要追溯到二戰之前，這個組織壹千多年的目的是要救回被放逐到外星的邪惡異人首領，從而控制異人族統 領世界。九頭蛇還潛入了ATCU，通過這個機構來激活異人為自己戰鬥。