糞肥在第壹罐發酵、分解、沈澱後，由於比重不同，自然分為三層。上層是糊狀的糞皮，下層是絮凝的糞渣，中間層是清糞熔煉。中層糞液從糞管進入第二罐繼續厭氧發酵，進入第三罐儲存。
糞便在第壹和第二罐中溶解、沈澱和厭氧發酵以攔截寄生蟲卵，糞便中的病毒在厭氧狀態下被殺死而無害。
擴展數據
三室化糞池的容積應根據使用人數、沖洗水量、糞便發酵分解時間、沈卵滅菌要求等確定。糞便發酵分解時間和病原體死亡時間按30天計算，其中壹池20天，二池10天，三池容積至少為兩池之和。
1池、二池、三池的容積比宜為2: 1: 3，在不降低1池規定容積的情況下，可適當增加二池容積，無糞戶廁可適當減少三池容積。
第二罐容積小於0.5m3時，可按0.5m3設計建造..
參考資料:
百度百科——“三格式”化糞池