按比較確切的史料，元末的紅巾起義最初源於“白蓮會燒香惑眾”，從元到清，白蓮教“或充醫蔔，或充貿易，遍歷各村，親去傳徒”，是最為普及和活躍的民間宗教組織。《明史 列傳10》載：“元末，林兒父山童鼓妖言，謂“天下當大亂，彌勒佛下生”。河南、江、淮間愚民多信之。鞽州人劉福通與其黨杜遵道、羅文素、盛文郁等復言“山童，宋徽宗八世孫，當主中國”。乃殺白馬黑牛，誓告天地，謀起兵，以紅巾為號。”這裏面有兩個值得註意之處，壹是造反的宗旨（也可以理解為策略），乃是“復宋”。後來劉福通扶持韓林兒即帝，國號也是“宋”。二是白蓮教的佛教性質，蓮花和彌勒佛都屬於佛教中的象征物和人物，“明王出世”的宣傳，韓林兒的“小明王“稱號和“大明”國號均可用相關佛教經典解釋，應該是出自白蓮教教義。後來的白蓮教首領唐賽兒，則更直截了當的稱“佛母”。
那麽，這壹切都與明教無關嗎？也不是這樣。白蓮教的教義和明教有很多相似之處，“據白蓮教的解釋，世界上存在著兩種叫做明暗“兩宗”相互鬥爭的勢力，明就是光明，代表善良和真理；暗就是黑暗，代表罪惡與不合理。這兩方面，過去、現在和將來都在不斷地進行鬥爭。彌勒佛降世後，光明就最終戰勝黑暗。”（TOM網歷史資料庫：《白蓮教的歷史淵源》）而這所謂“兩宗三際”說（兩宗即明暗，三際為青陽、弘陽、白陽），恰恰又是明教的基本教義，只不過抽象的“光明之父“被實體化了的彌勒佛所替代。此外，白蓮教教徒日常要求禮拜，“教首常於夜間聚眾拜燈，念靈文。”也非常接近明教儀式。是明教為圖生存而攀附佛道，還是白蓮教借鑒了明教的教義？有待業內行家進壹步深入考證。關於白蓮教和明教之間的淵源和關系，本人查閱有關的歷史專題論文標題索引，確有學者對此作過研究，但論文出為六十年初，未曾找到原文。
元末明初之際，明教也並非衰弱到了毫無號召力的程度。據白壽彜主編的《中國通史》載：“溫州也是壹處摩尼教徒集中的地方。那裏有壹所“潛光院”，是壹所明教寺院。元末陳高曾經提到它，並指出“甌閩人多奉”明教，教徒們“齋戒持頗嚴謹。日壹食，晝夜七持誦膜拜”。有壹些知識分子學習明教經典，隱居於此。”這說明當時至少在東南各地的民間，明教仍然具有壹定的影響。