1、種養結合
這是我國目前畜禽糞汙處理的主要方式。養殖場采用幹清糞或水泡糞方式收集糞汙。采用幹清糞方式的，固體糞便經過堆肥或其他無害化方式處理，汙水與部分固體糞便進行厭氧發酵、氧化塘等處理，在養分管理的基礎上，將有機肥、沼渣、沼液或肥水應用於大田作物、蔬菜、果樹、茶園和林木等。采用水泡糞方式的，糞汙進行厭氧發酵、氧化塘處理，還田應用於農業生產。
2、循環利用
在奶牛場和鴨場應用比較多。養殖場主要是采用幹清糞的方式，其做法就是通過控制生產用水，減少養殖過程中的用水量，場內實施汙水暗道輸送、雨汙分流和固液分離，減少汙水處理壓力。處理後的汙水可用於場內沖洗糞溝和圈欄等。固體糞便可通過堆肥、基質生產、牛床墊料、燃料等方式處理利用。
3、達標排放
目前，這種處理方式占的比重相對比較小，其原因壹是糞汙處理設備的成本高，給養殖場造成很大的壓力；二是糞便本身是壹種可再利用的資源。達標排放要求養殖場對汙水通過厭氧、好氧等工藝處理後，出水水質達到國家排放標準，固體糞便通過堆肥等方式處理後，再利用。
4、集中處理
在養殖密集區，依托規模化養殖場或專門的糞汙處理中心，對周邊養殖場（小區、養殖大戶）的糞便或汙水進行收集並集中處理。
二、畜禽糞汙資源化利用
相對於各種畜禽糞汙資源化利用處置方案，固體糞便我們采用可組合的模塊化單元設計，不僅可以對規模化的養殖場的固體糞便就地處置，也可以對大規模的集中處理站式的固體糞便進行處置，產出物為有機肥原料。液體糞水采用三級沈澱好氧發酵池，產出物為液體有機肥原料。
1、固體糞便
目前養殖場基本采用就地還田、堆肥等方式消納。但存在占地面積大，處理周期長，無害化不徹底，易產生二次汙染等問題。SJC好氧發酵工藝系統，包含自動化混料倉、發酵箱、除臭單元。混料倉將固體糞便、輔料和菌群有效調理混合傳送到封閉的發酵箱中，發酵箱經過內部各單元的聯動，將富含有機質的產品輸出。生成的有機質產品幹凈、穩定，可以放心直接施用或者儲存作為有機肥原料。除臭單元回收廢氣，保證了處置過程無害化。
工藝特點：
實踐已證明該工藝為固體糞便的最佳處置方案，唯壹可以保證無異味有處理工藝，不產生垃圾滲濾液，工程設備化，采用物料自動翻鬥設計，地面積小，處理效率高，單體處理能大，維護運營成本低。
單元模塊化，可單獨使用或組合使用，滿足不同規模的處置要求。與常見的攪拌式比較，如滾筒式，罐式，倉式等，單體處理能力大，維護運營成本低。與同等規模各種堆肥工藝相比，占地面積降低了50-75％，本工藝適用於規模化養殖場就地處置，也適合於規模化集中處置。
2、液體糞水
采用三級循環好氧發酵沈澱池，采用攪拌+曝氣+菌群方案，7-15天可以處理成無臭、富含有益微生物豐富的液態生物菌肥，設施成本低廉、運行操作簡單，可以快速實現資源化利用。