天順四年十二月六日（1461年1月17日），祝允明生於山西太原，其祖父祝顥時任山西布政使司右參政。
天順八年（1464年），祝允明開始臨貼學習書法，不久可以寫大字。同年，祝允明的祖父祝顥致仕。 成化元年（1465年），祝允明隨祖父祝顥從山西南歸，途經太行山。
成化四年（1468年），祝允明生胎瘍，臥床休息，發現臥床處有詩，激發了祝允明學習作詩的興趣。不久病愈，祝允明開始拜師學習經義。
成化八年（1472年），祝允明開始學習作文。七月十五日，外祖父徐有貞病卒。
成化十壹年（1475年），祝允明遊雍熙寺，寫《遊雍熙寺雜記》壹詩贈於寺僧。同年，母親徐氏病卒。
成化十四年（1478年），祝允明娶中書舍人李甡（字應禎）之女為妻。
成化十五年（1479年），祝允明考中秀才。開始力攻古文，後為學官司馬垔稱賞，允其補廩生。七月三日，長子祝續出生，祖父祝顥大喜，賦詩兩首慶祝。同年，父親祝瓛續娶陳玉清為妻。
成化十六年（1480年），祝允明赴鄉試，落第。同年，繼母陳玉清生壹女。
成化十九年（1483年），祝允明再赴鄉試，又落第。同年，七月父親祝瓛死。十二月祖父祝顥病卒。
成化二十年（1484年），祝允明收張靈為弟子。
成化二十壹年（1485年），祝允明在家居父、祖之喪，其間讀書有所得，匯編成《讀書筆記》。十二月二十二日，祖姑祝妙清卒，祝允明撰寫墓誌銘《王府君妻祝氏碩人墓誌銘》。同年，祝允明有書法作品《莊子秋水篇》。
成化二十二年（1486年）五月，祝允明應吳寬邀請書宋代蘇州東禪寺僧所作《林酒倦詩》，沈周、唐寅等都有題詠。（註：酒倦是宋代東禪寺僧人，俗名姓林，因嗜酒故號酒倦。）五月後，臨摹蕭子雲、薛稷書法作品，並書有《高唐賦》。六月，臨摹《黃庭經》。七月望日後，書《千字文》。秋，赴應天鄉試，落第。九月，外祖母蔡妙真卒，代母舅撰墓誌銘《顯妣武功伯夫人蔡氏袝葬誌》。同年，與友人潘崇禮訂交。為友人沈周書《秋軒賦》。
成化二十三年（1487年）長至日，編定所著《浮物》。十二月初六，祝允明生日，有感慨述誌寫文。同年，有行書作品《燕喜亭等四記》。 弘治元年（1488年），正月上日，祝允明有感於“匪物不初，維篤乃完”作《篤初》壹文。九月九日，作《江城子》詞壹首。十壹月，為沈周妻陳氏作墓誌銘。除夕，書寫《成化間蘇材小纂》。同年作《養虎傳》，有行書《離騷經》、《和詩二十首》。
弘治二年（1489年），祝允明與都穆以古文辭出名，有文徵明、唐寅等追隨。二月，應鄉人許朝相邀，在其所得元代倪瓚的《江南春》和詩。夏日，祝允明與都穆、楊循、史經、朱凱等常去朱存理僦松軒避暑，飲酒、品書、鑒畫以為樂事。七月，赴應天鄉試，住在南京嶽父家。八月三日，生病回到蘇州就醫，五十日後病才愈，誤了此次鄉試。九月二十壹日，祝允明的好友周庚下葬，因為生病沒能前往，寫詩哭祭。
弘治三年（1490年）五月十八日，祝允明居住在臥龍街，夜間聽到譙樓鼓聲，作《譙樓鼓聲記》。六月十九日，撰《祖允暈慶誕記》。八月晦日，書《離騷經》。十月七日，祝允明的祖父的朋友顏昌卒，為其撰寫墓誌銘。十月，寫詩和吳寬所題倪瓚的《秋林遠岫圖》。十二月六日生辰，賦詩壹首。同年，好友謝丙五十歲，為其撰《說逸》。同鄉好友王觀匯整其先人的《王氏著作文集》，又重刻《震澤紀善錄》，祝允明為其作序。
弘治四年（1491年）正月人日，祝允明與李詢等往承天寺之圓通附院遊玩，寫詩題其壁上。正月九日，夜間在李詢家喝酒，信手作長句壹篇。同日，繼母陳玉清之父陳紳卒，明年下葬，為其撰墓誌銘。三月晦日，書《畸崖記》、《譙樓鼓聲記》、《魂遊曲林記》。四月十壹日，好友錢愷卒，為其作畫像贊。四月，病中作詩四首。六月五日，在友人王锜家觀宋代李麟《圖史卷》，寫文記之。八月壹日，為好友謝丙的亡父謝會的遺稿作序。九月四日，寫有《動靜記》。九月，為謝會及其妻盧妙定撰寫合葬誌。長洲縣令刑纓離任，與好友王锜寫詩為其送行。十月二日，為友人朱凱書舊作《蘇武慢十二篇追和虞韻》。十壹月，撰《都師郭公葬部人陳頤之碑》。同年，叔父文森赴京，作文相贈。寫文為離任的長洲縣學教諭彭道送行。為同鄉都容作傳。
弘治五年（1492年）正月，寫詩和吳寬《喜雨》詩。三月望日，與祖元暈***飲，書杜甫詩相贈。秋，中應天鄉試，主考官為王鏊。九月上旬，書《米顛小史》。好友王锜建燕翼堂，為其作《燕翼堂記》。
弘治六年（1493年）春，赴會試，不中。這年春，為好友書《楊柳花》、《春莫曲》、《投釵吟》、《沈先生西山雨觀圖》。五月，外叔祖母高妙安卒，撰墓誌銘《徐府君妻孺人高氏袝葬誌》。七月九日，嶽父李應禎卒，為其寫行狀錄，文林為其寫墓誌銘。八月壹日，寫詩題沈周所摹《米敷文大姚村圖》。八月七日，為鄉人蔡蒙寫行狀《中憲大夫廣西南寧府知府蔡公行狀》。臘月二十日，寫抒懷詩十五首。臘月二十四，寫《送龜詩》。除夕，寫《除夕守歲》詩壹首。
弘治七年（1494年）元旦，作詩壹首。春，蘇州府城隍廟新井成，寫文記其事。六月二十日、二十壹日，與洪子等遊福昌寺避暑。六月二十四日，遊雍熙寺。七月，好友陸容卒，寫詩哭之。中秋，以臨古人貼贈送好友彭日方。十月二十四日，冒寒過訪沈周，沈周作《林壑幽深圖卷》相送。十二月，鄉人薛英卒，為其寫墓誌銘。
弘治八年（1495年）二月，夢中與人論《易》，寫文記其事。九月九日，臨趙孟兆書《過秦論》。秋，應費子之請，為其余虛有其表號雲江寫文記之。
弘治九年（1496年）元旦，途經揚州，未入其城。二月，在京會試，不第。五月，書自作詩《三暢詠》。九月朔日，書《離騷》首篇。秋，有事過南沙處，南沙出示宋拓智永《真草千字文》把玩三天，不忍，臨壹遍。十壹月，為友人吳廷用作《釣月亭記》。同年，秦文奉旨營葬吳寬之母，返程為其送別，寫詩相贈。同年，書自作詩《北邙行》。
弘治十年（1497年）三月，範從規卒，為其寫墓誌銘。五月，有文題仇英《蘭陵介和圖》。五月十日，友人謝昺卒，為其寫墓誌銘。六月，表姐徐德妝卒，為其寫墓誌銘。九月，為鄉人書畫家陳邏寫墓誌銘。十月，書《可竹記》。應太倉州澱在甘澤之請，為其輯訂族譜。蘇州開元禪寺重修完畢，為其撰碑文。
弘治十壹年（1498年）四月，姑父湯瑄卒，為其寫墓誌銘《登仕佐郎鴻臚寺序班湯府君墓誌銘》。嶽母王氏卒，為其寫墓誌銘《明故南京太仆少卿李府君室恭人王氏墓誌銘》。夏，有詩題戴進《孤舟圖》。
弘治十二年（1499年）春，赴京會試，落第。十月，為湯文奐自號宜軒作記。同年，手錄宋代洪邁《夷堅丁誌》。
弘治十三年（1500年）正月，為新安羅惟善序其重刻十二世祖的《鄂州小集》。正月二十七日，書《黃庭經》。三月，撰《椿樹秋霜序》題在唐寅《椿樹霜圖》卷後。八月，書《仰山堂銘》。十壹月冬至日，序友人王锜所著《寓輔雜記》。十二月二十壹日，余杭方祥卒，為其寫墓誌銘，其子方坤、方翼皆是祝允明的學生。
弘治十四年（1501年）二月，題顧氏所藏唐代懷素《千字文》卷。為太倉知州李端撰其父母合葬誌。三月，蘇州府重修湖川塘竣工，寫文記其事。三月，撰書《太倉州儒學記》。五月，為友人撰《壽意圖序》。八月，於嘉禾途中寫《鄧攸論》。同年，書《關公廟碑》。
弘治十五年（1502年）春，赴京會試，不第。二月，母舅徐世良卒，為其寫墓誌銘《昭武將軍上輕車都尉錦衣衛指揮使徐公碑》。八月壹日，在南京為黃璋夫婦作《偕美賦》賀其生辰同年同月同日。同年，吳縣知縣鄺璠離任，為其撰文。書有小楷《壹江賦》。
弘治十六年《1503年》正月，姑父劉汝大的繼室王妙慶卒，為其撰墓誌銘。九月，南京汪宗道家藏書法名畫豐富，賞玩壹番。同年，題宋代米芾《九帖》。
弘治十七年（1504年）二月，與文徵明、唐寅出遊東禪寺，為僧人書《飲中八倦歌》。三月十九日，友人錢腴卒，為其寫行狀和祭文。七月，吳寬卒，寫詩哭之。同年，有行書《離騷》。
弘治十八年（1505年）春，赴會試，不第。四月，為親家王觀書《王氏復墓記碑陰》。七月，應王鏊及蘇州知府林世遠之聘，修《姑蘇誌》。秋，在修誌館，寫詩和王鏊的《晚秋白蓮》。與文徵明會於城南，互有詩作贈答。書《充齊記》、《聽泉記》。書《招鳳辭》於唐寅所繪《南遊圖》後。 正德元年（1506年）二月，《姑蘇誌》初稿成。春，過沈與文家，為其書《盧姬曲》。四月，王鏊以吏部左侍郎入閣，唐寅繪《出山圖》，祝允明、徐禎卿、張靈等題詠以示慶賀。開始校刻《姑蘇誌》。賦《浩歌行》感嘆人生年華易逝，功名富貴難成。
正德二年（1507年）正月十日，致書王鏊，述《姑蘇誌》校刻情況。二月，唐寅持所繪《高士圖》請其書贊於其上。夏，往南京小住，有詩作贈沈與文。題元代趙雍《開月騏驥圖》。六月，納涼古寺，書劉基《二鬼》詩。秋，寓南京，為沈與文書自作詩。秋，與無錫華王呈***淳，啜敬漪瀾堂，書杜甫的詩，撰《成趣園記》。秋，子祝續中應天鄉試第壹百壹十壹名。同年，有行書《芝庭記》、楷書《琵琶行》《宋玉詩賦冊》、草書《宋玉釣賦》、《蘭花詠》、《杜甫秋與八首》等。
正德三年（1508年），赴京會試，不第。朝廷請其修《孝宗實錄》，辭不就。秋，與唐寅、文征明、沈周、楊循吉等送戴昭歸家，有詩相贈。秋，書《嚴先生祠記》。十壹月七日，好友朱應登之父六十壽，為其作銘。同年，子祝續在南京，寫詩寄懷。
正德四年（1509年）二月，書王鏊所作《天平》、《壹雲》、《金山》、《南峰》等詩。三月，好友王聞繪《存菊圖》，為其作《存菊解》。三月下旬，到親家王觀家中，應其邀請為其書《雕賦》。初夏，與好友唐寅泛舟遊玩。端午，題祖父祝顥、外祖徐有貞與友人《雪夜聯句》手績。九月下旬，書《前後出師表》。閏九月十三日，作《夢中為遊山詩》。冬十壹月，與好友王韋、顧璘、朱應登等宴飲於史後知山堂，慶祝朱應登升任延平知府。
正德五年（1510年）正月，吳越發大水，民不聊生，作《九湣》。二月，撰《夢草記》。四月十八日，書《洛神賦》於友人文徵明的《洛神圖》上。夏五月，作草書《秋日月居賦》卷。六月，撰《梨谷記》。立秋，作《知秋賦》。中元，臨米芾《龍真行》。七月，唐寅繪《古溪黃翁作壽圖》撰文書其上。八月二日，臨《黃庭經》。十壹月三日，題孫育刻宋代陳少陽書法，題朱承爵所藏《眉山六帖》。同年，有作品《雜詩》、《問情賦》、《千字文》、《題石田雜花》。
正德六年（1511年）春，好友施儒入京會試，為其餞行。二月，會試不中。長子祝續中進士，選為庶吉士，祝允明聞之甚喜，作詩幾首。在京為虞來鳳作《東山竹屋記》。秋，在鎮江，應邀修鎮江地方誌。八月，在家著《野記》。九月，鄉人劉度卒，為其寫墓誌銘。冬，與文徵明、朱存理、朱凱、邢參、陳淳宴於楊循吉家。
正德七年（1512年）閏五月二十六日，寫詩寄懷。以《上俞都憲備賊事宜狀》，陳南京守備之事。六月，斷酒兩年後第壹次醉。七月二日，致書陸完，上平定劉六、劉七之計。八月十九日，書唐代李白的《問月篇》。十月，遊淮楚，寄居在友人大河衛指揮使王廷瑞家。十壹月，在淮陰為晉氏作《淮陰晉氏先德碑銘》。十壹月十日，友人王廷瑞卒，寫辭悼念。同年，有《江淮平亂詩什序》。
正德八年（1513年）花朝日，書唐詩六首。六月壹日，作《江淮平亂事狀》述劉六、劉七事件始末。七月，避暑山中，好友楊循吉持董源、李成、巨然、範寬的作品來訪。八月，宿東禪寺，書《東坡記遊》。十月，長子祝續得授官禮科給事中。
正德九年（1514年）二月，赴會試，不中。三月三日，赴好友施儒宴請，拒絕了施儒下科再考的勸告，七試不中，決心不再赴會試。由京返回，致書朱應登，以所編定的集子請其作序。四月十二日，友人華夏來訪，請書《前後出師表》在其所藏的《武侯圖》上。秋，赴京就選，得授廣東興寧知縣。十壹月，南下赴任，有詩述懷。
正德十年（1515年）三月，唐寅自寧王邸歸吳，皈依佛教，自號“六如居士”，築室桃花塢。暮春四月，祝允明作《杭州夏日以文會諸君従聘宅序》：“凡士居以學展策馮幾，或受教聖賢，辨難英傑，閉戶終日，恐壹塵客撓也……”五月，祝允明小楷《前後赤壁賦》（現藏日本東京國立博物館）。又作《乙亥五月五日王僉憲文明邀宴廬陵螺川驛樓觀競渡（七律）》。是年秋，祝允明赴興寧縣任。
正德十壹年（1516年）五月二日，祝允明偶在縣署之念慈齋避暑靜坐，發現舊作《擬詩外傳》數篇，遂書在素卷之上。八月，草書《米元章論書卷》。秋，書《待漏院記》。又作《陶淵明飲酒詩》。秋，作《越臺諸遊序》：“顧公丙子秋，來僉廣東提刑按察事，至旬日即往潮州督捕漳州賊……”九月九日，祝允明作《丙子重九戲題》。十二月二十日，祝允明在興寧縣齋書《墨林藻海》壹卷。冬，上司因允明催交秋稅不力，停發他的官俸，作《歸與》。祝允明應命修興寧縣誌。十二月二十九日，做《正德興寧縣誌序》，自謂：“冬，承臺省檄治通誌。辭不獲。將自縣趨召，因以意授弟子員劉天賜、王希賢、李庠、張天賦，使以殷書為本，征扣見聞，補漏匡誤，迄於當時事為編以歸，允明於舟中稍為芟除比聯，以成書四卷。題曰：‘正德興寧縣誌’。”
正德十二年（1517年）春日，祝允明過漕湖講堂望鴻齋，見宋紙精美，作行書《古詩十九首》冊並跋。某日，又作行書《連昌宮辭》等詩稿。六月二十七日，祝允明書《越臺諸遊序》。七月，祝允明行書《楊太真外傳》。祝允明赴廣東任職三年中，表弟趙某前往看望兩次，餞別時祝允明作《廣州別表弟趙二》相贈。九月，祝允明還興寧縣，二十七日夜渡頭舟中作《將歸行》，此時其繼母在蘇州、妻子在廣州、兒子祝續在北京。祝允明在興寧任上，作《上巡按陳公辭召修廣省通誌狀》據文中所言，則文當作於“正德興寧縣誌”修訖之後。祝允明在興寧縣任上，作《題黃山人詩巻》。
正德十三年（1518年）四月十九日，祝允明在潮州獨往謁文公（韓）廟，浮橋上走到壹半，又只有用小舟渡河，風雨交加，江水洶湧，小舟幾乎不能渡，退到橋尾，風轉厲，只有遠遠的看著遙拜返回，因此作《望韓》。七月廿三日，記敘有《遊浮羅記》。
正德十四年（1519年）祝允明《己卯春日偶作韓致光體》。
正德十五年（1520年）春日，祝允明臨王羲之《黃庭經》壹冊。二月二十七日，作《庚辰二月二十七日曉官窯中口號》。三月，祝允明過訪士元家作詩相贈。某日，祝允明在謝雲莊通家新居小樓覽元人《壽星圖》並題於其上。某日，孫七峰與唐寅、祝允明、楊邃庵、陳石亭、張石川諸君題名巖表，鐫刻遊記。
正德十六年（1521年）六月壹日，祝允明在天津官舟雨中，戲用山谷草法應酬知友索書，並題於後。秋日，作草書《贊辭》附於文伯仁畫《楊季靜小像》。十壹月三日，祝允明作小章草《閑情賦》，自識雲：“冬日，擁爐於小閭，過雲莊至，除素紙索書鐘繇張草，勉為呵凍手書之。”十二月，祝允明作《張長史四詩帖跋》。是年，祝允明被薦應天府通判，專督財賦。 嘉靖元年（1522年）是年，祝允明任應天府通判，故被稱為祝京兆。在南京任上近壹年，祝允明上疏求致仕。春二月十二日，祝允明過武林寓昭慶寺，訪靈梵上人，得覽趙文敏所書《圓覺經》，乃閉關月余，敬書《圓覺經》壹卷。三月，祝允明作草書卷於從壹堂。五月五日，祝允明行書《莊子逍遙遊》於寒綠堂。是年，祝允明作《讀嘉靖改元詔書並閱邸臣敬作古調》壹首。作草書《荔枝賦》。又作草書《前後赤壁賦》卷。
嘉靖二年（1523年）正月初七，作《鶴章》其序曰：“癸未嵗人日，余家搆新堂成肅延北山，老師醮陳感佑之，諶當奏章時仙騏三輩旋導燎臺，奏升而駕亦逝眾目瞻竦敬賦壹章銘誌，玄賜兼謝周師精髙之效書奉並望和篇。”歸鄉後居外祖父徐有貞日華裏舊宅，正月八日，築懷星堂。三月，作《蘇臺八詠小詞》。四月，文征明至京師，授翰林待詔，祝允明有詩見贈。閏四月下旬，祝允明過雲莊樓酒次，出經紙索書千文。二十五日，祝允明作草書《自書詩卷》，又作草書《太白酒樓詩卷》，草書《柳宗元梓人傳軸》。十二月初二日，唐寅歿。應唐寅之弟唐申（字子重）之請，祝允明撰《唐子畏墓誌並銘》，王寵書。祝允明曾作《哭子畏二首》及《再挽子畏》。是年，祝允明又作《趙姑夫啟殯祭》、《李碩人墓誌（李柔）》、《史在野（史臣）》、《古調尚書內相毛文簡公挽辭（毛憲）》。
嘉靖三年（1524年）三月，祝允明作《所事儒教鬼神解》。秋夜，飲宴於陳氏山亭，燈下草書《赤壁卷》：“秋八月望夜，設小宴中庭，月色如畫，另仆篝燈，漫書蘇公赤壁二賦，以歸文貴孫子緣。”同年某日，又作《前後赤壁賦冊》。老師王鏊歿，年七十五歲，十壹月二十日，祝允明作《祭王文恪公文》。祝允明又作《張文聲妻左氏墓誌銘》、《蘇州府學政科盛公墓誌銘》、《守齋處士湯君聞守生壙誌》、《先妣陳夫人墓誌》。其繼母陳夫人於十壹月二十日，葬於橫山丹霞塢其父墳塋之右，年七十有六。
嘉靖四年（1525年）二月，祝允明楷書《離騷經》。初夏，草書《夏後氏之圭帖》。七月，為九疇作草書《月賦》卷。又作草書《和陶淵明飲酒二十首》。秋日，作草書《七律九首帖壹卷》。又作草書《閑居秋日詩》卷。又作草書《七言絕句》卷。九月，祝允明訪文嘉，文嘉知悉祝氏手裏拮據，設繭絲紙及上好筆墨，引起祝允明豪興，揮寫行草《古詩十九首》，嘉付以酬金。此卷後刻於文征明《停雲館帖》。同月，祝允明曾用二文羊毫作行草應酬，並題於後。某日，為顧璘書寫《千字文、長清靜經》卷。又作《誌謝可節墓誌銘》。
嘉靖五年（1526年）正月，允明作《太倉州新誌序》。九月七日，作《祝文》。十月，昆山魏誠甫遠謁祝允明，求書《黃庭經》，祝允明抱病書寫。又作小章草《書述》。十壹月，祝允明作章草《後赤壁賦》於文征明《赤壁圖》後。是年，作組詩《懷知詩》，緬懷平生知己壹十八人，***壹十九首。十二月二十七日（1527年1月28日），祝允明病故。
嘉靖七年閏十月十六日（1528年11月27日），祝允明葬於橫山丹霞塢其祖父祝顥墓旁。好友王寵為其寫行狀，陸粲為其撰墓誌銘。