當記者問劉福祥成為院長以來最大的挑戰是什麽時。他說:“挑戰有三:壹是熱，二是難，三是關鍵。熱點是醫院工作人員最關心的住房問題。難點是醫院的管理，重點是如何為部隊服務。”
著眼於打基礎，劉福祥從解決難點、熱點、重點問題入手，以人為本，大力改善醫療休息環境。在空軍領導和空軍黨委的關心支持下，近兩年來，醫院新建了4.45萬平方米的綜合病房樓，改造翻新了幹部病房樓，新增綠地2萬多平方米，大大改善了傷病員的醫療休息環境。醫院還圍繞重點專業學科的技術建設和各專業科室的基礎設施建設，投入資金3000多萬元，新購置醫療儀器設備573臺套，使醫院擁有的醫療設備總值達到2億多元。為了解決住房問題，劉院長主張改變傳統的住房分配觀念，引入市場經濟的運作方式，采取上級撥壹部分，醫院拿壹部分，個人出壹部分的籌資方式。短短兩年多時間，建成了總建築面積46000多平方米的住宅樓，為全院80%以上的醫務人員調整了住房，從根本上解決了住房困難的矛盾，大大增強了醫院的凝聚力。
以“君”姓為兵，為提高空軍戰鬥力提供保障，紮紮實實為部隊服務是醫院的宗旨。上任以來，劉福祥提出確保“三個優先”，建立和完善了飛行員和幹部醫療保健三個專門診室。醫院明確了軍人專用掛號窗口、門診取藥窗口、定價收費窗口、檢查結果接收窗口四個專用窗口，建立並規範了“軍人急診醫療綠色通道”工作流程，有效保障了急重癥患者的救治。劉福祥要求，醫院各方面工作要突出三個重點，即突出醫療服務戰備重點、飛行員醫療保健重點和幹部醫療保健重點。在突出重點的過程中，要落實聯勤保障、校外服務和經費保障制度。醫院每年都派出由精兵強將組成的醫療隊上山下島，深入基層邊防壹線為官兵送醫送藥、送溫暖。三年來，醫院為部隊傷病員補助4700多萬元。
“醫療質量是醫院的生命線和生命力”，劉福祥深知這壹點。因此，他始終把質量建設作為貫穿全部工作的主線，堅持為傷病員提供優質高效的醫療服務。醫院黨委制定下發了《關於進壹步加強醫院質量建設的決定》，從服務部隊、內涵建設、服務質量、醫療環節質量、職工培訓、機關作風等六個方面提出了醫院質量建設的具體整改措施，夯實了醫院質量建設的基礎。針對醫療工作中的傾向性問題，醫院先後制定出臺了《加強急診醫療工作管理》等16項規章制度，為醫療質量建設提供了有力的制度保障。劉福祥主持制定了醫院《醫德獎懲條例》，大力宣傳醫院醫德醫風先進典型，嚴厲查處違反醫德醫風的人和事，建立了醫院全方位、多層次的醫德醫風建設領導管理格局，完善了機關、醫務人員、患者的監督網絡和院內外相結合的監督體系。
劉福祥認為，醫院的綜合醫療水平是醫院的標誌和形象，決定著醫院的生存和長遠發展。提升醫院水平，人才是關鍵，團隊管理是關鍵。為加強學科帶頭人自身水平的提升，醫院先後選派10余名學科帶頭人出國學習或到國內頂尖醫院深造。同時，堅持引進與培養相結合的原則，引進高學歷人才26名。近兩年來，劉福祥也下大力氣狠抓醫院信息化建設和管理，僅硬件建設就投入500多萬元。目前，空軍總醫院的信息化建設已走在全軍前列。
在團隊管理方面，劉福祥倡導發揚團隊精神，打造優勢學科群，實行首席專家、學科帶頭人、技術骨幹三級負責制的管理方式，以項目、課題推動學科和技術發展，促進人才隊伍建設的目的。在他的倡導下，醫院在不增加編制和經費的情況下，逐步實現了資源共享和優勢聚集。鑒於我軍新型第三代戰鬥機機動性高、載重大，飛行員容易出現脊柱疾病。他們借助“優勢學科群”，將國家重點專項疾病建設項目“中西醫結合治療脊柱軟組織損傷”與飛行員脊柱疾病治療直接掛鉤，將航空兵部隊反饋的病例信息及時納入科研項目，在短時間內完成了“新型飛機飛行員脊柱疾病的矯治與預防”等壹批重點科研項目。新型醫學正骨療法在飛行員脊柱損傷和頸腰疼的無創治療方面達到國內外領先水平。
據統計，從規劃到建成“優勢學科群”僅用了不到壹年的時間，該所已有4項科研成果獲得全軍二等獎和北京市科技進步二等獎。自2001以來，該院獲得軍隊科技進步和醫學成果二、三等獎41項。