之後，乾隆六十年(1795)，大規模的苗族起義波及湘、黔、川三省。這次起義的發生，是因為苗族地區“還鄉”後，漢族官僚地主商人，即所謂“客家人”，不斷侵占苗族的土地，把“苗地”變成了“民地”。如湖南省永歲堂(今花垣縣)“城四周土地皆植，數十年後為民所占”。又因為清朝派來的官員“偷苗人魚，苗人忍無可忍。”於是，乾隆六十年正月，貴州松桃苗人被迫率先起義，湖南永綏苗人、幹城苗人吳相繼響應。起義中的苗族領袖提出了“逐客歸鄉”的口號，得到了苗族人民的廣泛支持。起義持續了12年，直到嘉慶十壹年(1806)才在清軍的鎮壓下失敗。
在苗族起義的同時，湖北也發生了安百裏起義。安百裏教是壹個私人秘密結社組織，農民經常以此為借口號召起義。安百裏教的教義壹直主張彌勒誕生，人們可以得救。這時提出“教國人先納稅，以後依稅批地”。農民渴望土地，於是紛紛加入教會。
這壹次，農民以“官逼民反”為號召發起了進攻。嘉慶元年(1796)，湖北襄陽女英雄姚芝甫、王聰兒舉起起義大旗，即以襄陽為中心，不到兩個月，起義人數上萬。與此同時，四川達州的徐天德、王三懷、冷天祿也相繼崛起。第二年，嘉慶二年(1797)，姚芝甫、王聰兒率領的湖北起義軍攻打河南，後由河南發展到陜西。嘉慶三年(1798)，王聰兒率兵到Xi安，打了敗仗，轉戰湖北。在鄖西，他被地主武裝項勇勒死，被清軍圍困，與王聰兒、姚芝甫同歸於盡。此後，四川的徐天德、王三懷、羅啟清、冉文超等繼續奮鬥。清軍利用素有清官之稱的項勇羅司居和四川知府劉清，用狡猾的手段瓦解農民軍。羅思舉假冒王三懷的旗號騙殺農民軍，甚至把王三懷騙到清營去了。結果王三槐被俘虜了。起義於嘉慶九年(1804)被鎮壓，歷時9年，席卷鄂、川、豫、陜、甘四省，消耗清朝軍費高達1億，對清朝打擊極大。
嘉慶十八年(1813)，田麗起義再次爆發。天理教是安百裏教的壹個分支，又稱八卦教。當時信眾眾多，遍布河北、河南、山東、山西等省。河南滑縣的李文成和北京的林青是主要的教學帶頭人。他們主張入教者先收“植福錢”，又稱“基業錢”，事成之後，“誰丟壹百塊錢，誰得壹地項”。農民渴望土地，所以他們加入了教會。李文成和林慶定於嘉慶十八年九月十五日同時起義。但由於的所作所為暴露，被華縣知府逮捕入獄，於是群眾提前高揚大義，營救，占領滑縣，號召四方。而林青卻如期行動，在北京以南的黃村組織武裝，帶著200人潛入城內。林青在入教宦官的帶領下，受到東西華門的夾擊，在龍宗門外與清兵作戰。但由於寡不敵眾，未能攻下清宮。最後林青被捕，犧牲在黃村。李文成在華縣很有氣勢，橫幅上寫著“大田明李順真主”的字樣。後來清兵包圍了華縣，離開了會仙山。結果被清軍追殺，自焚身亡。最後，滑縣被攻破，的妻子張逃不掉，揮刀在街上廝殺，殺死數十人，閉門自縊。這次田麗起義，特別是林青偷襲清宮，對清廷震動很大。嘉慶帝感嘆“什麽都沒發生，大清卻誕生了”。
在那些戰爭中，主要交戰派系先打起來，但最後主和派系“贏”了，簽了約，國恥。比如中法戰爭就是壹個例子。當然，洪秀全當時的太平天國運動也對清朝的滅亡起到了推波助瀾的作用。雖然第壹批維新派，如魏源林則徐，以及他們背後的洋務運動，在當時軍事為亞洲之首，在壹定程度上促進了中國的經濟、政治、文化，但統治階級的腐敗最終在甲午戰爭中以失敗告終。