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打不過就低姿態招降
第二天，陸順德親自率兵4萬設伏於村外險要處，然後派100多人入包村誘戰，被包立身識破，斬殺太平軍三十余人。陸順德又吃了個敗仗，無計可施，只能再度退兵。
2月15日，準備充分後，陸順德再率數萬兵力強攻包村，決心壹戰解決。此戰，包立身被流彈打傷，吃了個敗仗。但是包立身也有援手，退回包村後，他邀請了五泄鎮古塘村的陳朝雲部民團“勝義軍”來援，再次擊敗太平軍。撤退途中，太平軍又被次塢團練伏擊，傷亡5000余。
連戰連敗，太平軍陷入了兩難。包村太小，小到勝之不武的程度。何況，這個時候天京主戰場大局已經非常吃緊，還有浙江太平軍負責的閩中戰場壓力也很大，當然極不願意為壹個包村死磕。但是，包村團練連番擊敗太平軍，已經成了太平天國統治區中抵抗勢力的標桿。迫使太平軍不得不投入精力去認真對付。
幾番斟酌，太平軍決定妥協，再行招撫，以期用最小的代價解決問題：“ ……誠能去逆效順，歸問天朝……列爵分土，率由舊章，文慶何公，早有成例，近在貴邑，豈不聞乎？ ”在這封招安信裏，太平軍降低了姿態，近乎於乞和，還搬出了同為諸暨人的何文慶投降太平天國案例，試圖以此說服包立身。
只是想守衛家園
何文慶，諸暨當地會黨組織“蓮蓬黨”領袖，先辦團練對抗太平天國，後來歸降。相比之下，包立身的反太平天國立場顯得異常堅決。有趣的是，包立身似乎無意效忠清朝，當有人拿包立身和守吳興的清廷官員趙景賢比較時，包立身回答稱：彼為清朝耳，予守包村土地，為國為民，無為滿洲守土責任也。 包立身的意思是，他只對守衛包村家園負責，但沒有義務替滿清王朝去賣命。
就是這樣壹位無意效忠清朝的農人，卻和太平天國死戰到了最後。
美國漢學專家孔飛力指出，鹹同之交，傳統中國國家政權已經出現了某種崩塌的跡象，這才有包立身這樣的普通人挺身而出，為維護傳統生活、 社會 秩序而奮戰。這種自覺，比對任何政權的效忠都要堅定，因為他們組織武裝的目的是守護自己的家園。
這壹次，包立身還是選擇了拒絕，回信指責太平天國禍國殃民、假反清之名謀取私利，言辭激烈。
到這個狀況，雙方已無和解可能，只剩死戰壹途。這壹次，陸順德憤怒到了極點，甚至喊出了“寧棄天京，必破包村！”的口號。
陸順德整合五王、十六主將，合兵號稱百萬集聚包村，實際上大約是十來萬兵力。太平軍這壹牛刀殺雞式舉動的政治、軍事意義，壹直被質疑。但也有 歷史 學者認為，站在太平天國的角度，有必須要消滅包立身義軍的理由。這是因為，包立身還在太平天國宗教政權治下，建立了與拜上帝教對立的宗教體系。
此外，包氏集團組織形式嚴密，嚴重阻礙了太平天國政治權力建立鄉村統治秩序的努力。
兩種惡劣的政治示範效應疊加，可能就是是太平天國寧願付出前所未有的沈重代價，甚至被迫放下主戰場急如火的軍情，也要掃滅包村的根本動機。
這時，清軍主力已進入浙江，寧波、金華相繼失守，太平軍浙江戰局急劇惡化。而浙江太平軍卻都集聚在包村，結果是對東邊的上海之戰、北邊的天京保衛戰、南邊的浙江其他戰場都造成了惡劣影響。最直接的後果，就是南線浙江諸郡縣相繼失守。
太平軍第六次攻打包村期間，浙江太平天國治下9府70縣，失陷了22個縣，以及寧波、臺州、處州三處府城。因為這些地方的太平軍主力，都被抽調來攻打包村了。
放棄逃生與民眾***存亡
1862年4月，十余萬太平軍陸續到達包村，以壹場大會戰的陣勢，第六次圍困了包村。
太平軍先以占絕對優勢兵力，陸續掃清包村外圍各鄉民團。5月，太平軍猛攻與包村相距百裏、互為犄角的古塘村，包立身分身乏術，只能坐視古塘失守。然後，為了發泄怒氣，太平軍所到之處，壹律屠盡民眾、焚燒村鎮。壹時間，整個諸暨宛如地獄之城。
掃清外圍後，6月初，太平軍又先後占領了包村東面的臘嶺、北面的蛟嶺，這兩條山道，是包村的外部補給線。6月9日，包村東面門戶馬面山失守。這壹來，包村已成被四面圍困的絕地。
生死存亡之際，清廷觀察吳曉風派人秘密潛入包村，告訴包立身可以突圍到100公裏外的江邊，那裏壹能駐軍，二通海舶，這樣就可進可退。這對包立身而言，簡直是救命稻草般的存在。包立身毫不猶豫地答應了。
然後，雙方約定，吳曉風派船來接應，包立身則選出精銳打頭陣，其他部隊保護沒有戰鬥力的老弱婦女，到指定地點會師。
但是包立身臨到出發時卻意外地放棄了突圍。史載，他放棄的原因是，從四面八方來包村投奔他的民眾，希望他繼續留下來保護他們，因為突圍的生存機率也非常低。面對民眾的哭聲，包立身最後心軟了，改變主意留了下來，和包村***存亡。
末路
這個決定，將包立身和東安義軍送上了絕路。這時，包村已經沒有外援，雖然也還能打退太平軍的進攻，但人員得不到休息和補充，戰鬥力壹天天在下降。
7月，太平軍將領周文嘉找到了村後馬面山上的水脈，斷了村子的水源。他還將許多死屍扔進溪流，使得流到包村的水腥臭不堪，無法引用。這年夏天，又逢大旱，壹直不下雨。包村的糧食、水源、外援都斷絕了。
更要命的是，這時，包村內部人口聚集數萬，把這個村子塞得滿滿當當，連下腳的地方都沒有，炎夏斷水，人口密集，導致村中瘟疫也開始流行。
如此種種，形勢壹天比壹天糟，包村被攻破已經只是時間問題。
1862年7月27日晨，太平軍成功打通突入包村內部的地道，然後在火藥炸穿地面出口的巨響和煙塵中殺出，包村頓成修羅地獄。憋屈了大半年的太平軍士兵，此刻面對已成砧板上魚肉的包村民眾，毫不憐憫地見人就殺。
包立身、包美英率親軍數千人死戰突出重圍後，太平軍緊追不舍，終於在馬面山將其團團包圍。史載，壹場死戰後，包立身中彈身亡，包美英力竭自刎，其他人也盡數戰死。與此同時，殺紅了眼的太平軍，繼續四處追逐鄉民。最後，包村弱婦幼數萬人，幾乎無壹幸免。
萬人坑
戰後收斂遺骨，僅能確認姓名的死難者便有14077人。遺骨收葬了5個巨大的萬人坑，世稱“十萬人墓”的原址，就在今天的包村中心廣場。
故老相傳，戰後許久，包村死難者遺骸壹直散落村中及周邊，無人收屍。知道幸存者復歸家園時，才重新整理收埋，並捐田近400畝以及數千兩白銀，在曾血戰過的土地上建起壹幢三進祠堂，名為“忠義祠”。
還有壹個傳聞，他們發現，之後好些年，這裏的土地都無法種植莊稼，不是因為土地太貧瘠，而是太過肥沃，以致於莊稼燒苗。另外，據說包村有壹株老樟樹，前些年枯亡，村民準備將之砍伐清理，竟無從下斧下鋸，因為樹內盡是箭鏃、彈片。
傳聞是否屬實已不可考，但非常確鑿的是，這場包村之戰，波及了整個諸暨，幾乎各個大家族，都有至少半數男丁死於包村之戰中。如《楓橋駱氏家譜》中，鹹豐、同治年間的男性，其小傳結尾幾乎都有這樣壹句話：歿於同治包村之亂。