其考證思路是從世德堂本《新刻出像大字官板西遊記》卷首的“華陽洞天主人校”的“校”字入手，對比楊致和《西遊記》和朱鼎臣《釋厄傳》兩個版本之間增、刪、改的故事情節變化及發展，論證小說的成書過程，理順這三個版本的出版順序，結合其中所體現的佛、道、儒三家思想脈絡，追根溯源論證《西遊記》作者的閱歷及身份，考證出《西遊記》壹書與吳承恩毫無關系，真正作者應為明嘉靖時代的“青詞宰相”李春芳。
吳承恩有詩《贈李石麓太史》，石麓為李春芳的號。李籍隸江蘇興化縣，嘉靖年間狀元及第，因善撰“青詞”而累升宰輔。少時曾在江蘇華陽洞讀書，故又有號“華陽洞主人”。曾受命總校《永樂大典》。在《西遊記》第九十五回有壹首詩：“繽紛瑞靄滿天香，壹座荒山倏被祥；虹流千載清河海，電繞長春賽禹湯。草木沾恩添秀色，野花得潤有余芳。古來長者留遺跡，今喜明君降寶堂。”沈先生發現，這首詩的第四、五、六、七四句，暗含“李春芳老人留跡”，與卷首“華陽洞天主人校”指的是“編撰《西遊記》”之意。
胡適與魯迅主張吳承恩為《西遊記》作者的根據是明天啟間《淮安府誌》，該誌記有吳承恩作《西遊記》，但未說明此為何類圖書。清代鹹豐重刻《淮安府誌》刪去這壹條。
1983年末，章培恒先生在《百回本〈西遊記〉是否吳承恩所作》中指出，從《西遊記》問世直到二十世紀二十年代的三百余年裏，各種刊本或署朱鼎臣編輯，或只署華陽洞天主人校而不署作者姓名，或署丘處機撰，沒有壹本承認吳承恩的著作權。胡適1921年的《西遊記序》也說此作“是明朝中葉以後壹位無名的小說家做的”。後來魯迅先生力主吳承恩說，胡適得到魯迅抄給他的材料，便在《〈西遊記〉考證》中也持此主張。然而細觀他們的考證，所依據的間接材料有二條，直接材料僅壹條。
間接材料1：吳玉搢（1698－1773）《山陽誌遺》卷四：
天啟舊《誌》（指天啟《淮安府誌》）列先生（指吳承恩）為近代文苑之首，雲“性敏而多慧，博極群書，為詩文下筆立成，復善諧謔，所著雜記幾種，名震壹時。”初不知雜記為何等書，及閱《淮賢文目》，載《西遊記》為先生著。考《西遊記》舊稱為證道書，謂其合於金丹大旨，元虞道園有序，稱此書系其國初邱長春真人所撰；而郡誌謂出先生手。天啟時去先生未遠，其言必有所本。意長春初有此記，至先生乃為之通俗演義，如《三國誌》本陳壽，而《演義》則稱羅貫中也。書中多吾鄉方言，其出淮人手無疑。或雲：有《後西遊記》，為射陽先生撰。
吳玉搢距《西遊記》問世已近二百年，判斷的依據又唯有明天啟《淮安府誌》，他的發言權其實和我們差不多。
間接材料2：阮葵生（1727－1789）《茶余客話》卷二十壹：
按舊《誌》，稱射陽性敏多慧，為詩文下筆立成，復善諧謔，著雜記數種。惜未註雜記書名，惟《淮賢文目》載射陽撰《西遊記》通俗演義。是書明季始大行，裏巷細人樂道之，而前此未之有聞也。……按明郡誌謂出自射陽手，射陽去修誌未遠，豈能以世俗通行之元人小說攘列己名？或長春初有此記，射陽因而演義，極誕幻詭變之觀耳；亦如《左氏》之有《列國誌》，《三國》之有《演義》。觀其中方言俚語，皆淮上之鄉音街談，巷弄市井婦孺皆解，而他方人讀之不盡然，是則出淮人之手無疑。
這裏判斷的唯壹依據仍是天啟《淮安府誌》，據魯迅先生分析，阮葵生實際上是據吳玉?《山陽誌遺》卷四寫成，因為它沿襲了該書將《淮安府誌》中“復善諧劇”作“復善諧謔”的誤書。吳、阮兩人都提到書中淮上方言，但都是在先肯定吳承恩之作就是小說《西遊記》之後的旁證，但學術界對小說中的方言問題壹直有較大爭論，清初黃太鴻《西遊記證道書跋》就已稱：“篇中多金陵方言”。清代稱吳承恩為作者的還有丁宴《石亭記事續編》、焦循《劇說》等，但他們或據《淮安府誌》，或依《茶余客話》，這意味著將著作權判給吳承恩的依據其實只有壹條。
直接材料：天啟《淮安府誌》卷十九《藝文誌》壹《淮賢文目》：
吳承恩：《射陽集》四冊口卷；《春秋列傳序》；《西遊記》。
章培恒先生根據這條材料，從正反兩方面進行了論證。
正面：
《淮安府誌》沒有說明吳承恩《西遊記》的卷數或回數，也沒說明該篇的性質。歷史上常有兩種著作同名的現象，如清初沈謙與唐孫華就各有壹部《東江集鈔》，明代與清代都有壹部小說名為《如意君傳》。約比吳承恩大二十歲的安國也寫過《西遊記》，不過那是遊記之作。因此，並不能據此斷定吳承恩的《西遊記》就是百回本《西遊記》。
反面：
清初著名藏書家黃虞稷的《千頃堂書目》卷八史部地理類有如下著錄：
唐鶴征《南遊記》三卷吳承恩《西遊記》沈明臣《四明山遊籍》壹卷
其時距萬歷二十年（1592）《西遊記》首刻刊行已有半個多世紀，它已是大家熟知之書，可是黃虞稷卻將吳承恩的《西遊記》明確歸入地理類，足見該書只是壹般意義上的遊記，就像與吳承恩同時代的人寫過《東遊記》、《南遊記》之類的遊記壹樣。
專家們認為，關於《西遊記》作者歷來有種種不同說法，大都否認為吳承恩所作。也有人認為，關於《西遊記》作者，以往也有人提出是李春芳。只根據《西遊記》中的壹首詩是暗含李春芳，還不夠有說服力，這只能是壹家之言。要真正解開《西遊記》作者的歷史之謎，還需要進壹步發掘更多的第壹手資料。