松江流域內的鄉鎮人民政府、街道辦事處應當根據松江流域生態環境保護綜合規劃和配套保護規劃，做好本地區松江流域保護的具體工作。
生態環境主管部門負責松江流域生態環境保護的統壹監督管理，並會同水行政主管部門、鄉鎮人民政府和街道辦事處劃定出境斷面。
水行政主管部門負責松江流域水資源和河道的統壹監督管理。
發展改革、公安、財政、自然資源、住房和城鄉建設、農業農村、衛生、林業等主管部門應當根據各自職責，做好松江流域的保護工作。
鼓勵村、社區將松江流域保護納入村規民約和居民公約，引導村民(居民)保護和改善松江流域生態環境。第五條自治縣人民政府應當定期向自治縣人民代表大會常務委員會報告松江流域的保護情況。
松江流域內的鄉鎮人民政府應當定期向本級人民代表大會報告松江流域的保護情況。第六條自治縣人民政府及有關部門應當加強對松江流域保護的宣傳教育，增強公民的保護意識。
廣播、電視、報紙、網絡等媒體應當加強對松江流域保護的宣傳和輿論監督。第七條任何單位和個人有權舉報或制止汙染和破壞松江流域生態環境的行為。
對於汙染和破壞松江流域生態環境、損害公眾利益的行為，符合法律規定的機關和有關組織可以依法提起公益訴訟。
自治縣人民政府對保護松江流域生態環境做出突出貢獻的單位和個人，按照有關規定給予獎勵。第八條松江流域保護實行河長制，分期確定河長。縣、鄉兩級河道長負責本行政區域內松江流域的保護工作。建立松江流域保護和管理目標責任考核制度，考核應納入縣鄉兩級河長考核和績效評價的主要內容，並將考核結果向社會公布。
松江流域沿線的村(居)委會可以建立村級河長自我管理、自我服務體系，促進河流生態環境保護。第二章水資源保護第九條自治縣人民政府根據松江流域保護的需要，與相鄰地區的同級人民政府協商建立* * *治、* *管、* *享的跨行政區域協調保護機制，協調解決跨行政區域松江流域保護的重大問題。
自治縣人民代表大會常務委員會應當根據松江流域保護的需要，與相鄰地區的同級人民代表大會常務委員會建立協同監督機制，推動跨行政區域聯動協調保護機制的實施。第十條自治縣人民政府林業主管部門應當采取退耕還林、植樹造林、封山育林等措施，提高松江流域森林植被覆蓋率，增強涵養水源能力。任何單位和個人不得擅自改變松江流域水源涵養林和濕地的用途。第十壹條禁止在松江盆地城市公共供水管網覆蓋範圍內擅自挖新井取用地下水。
在松江流域內從事商業餐飲、洗車、洗浴、遊泳、水上娛樂等用水的單位或個人，未經水行政主管部門批準，不得取用地表水和地下水。第十二條禁止在松江盆地中心城區抽取河流地表水用於水源熱泵系統。
已建成的水源熱泵系統，由水行政主管部門會同住房和城鄉建設主管部門依法拆除。第十三條自治縣人民政府應當加強飲用水水源隔離保護設施建設，在飲用水水源保護區邊界設立明顯的地理界標、圍欄柵欄和明顯的警示標誌，並公布保護區範圍。
禁止損壞或者擅自移動前款規定的地理界標、柵欄圍欄和警示標誌。
飲用水水源保護區分為壹級保護區和二級保護區；必要時，可以在飲用水水源保護區外劃定壹定區域為準保護區。