七月下旬，遵照中央指示，組建新四軍蘇北指揮部，陳毅，粟裕分別任正副指揮，劉炎、鐘期光分別任政治部正副主任。蘇北指揮部所屬部隊整編為三個縱隊，九個團，約七千余人。第壹縱隊司令員兼政治委員葉飛，轄第壹、第四，第五團，第二縱隊司令員王必成，政治委員劉培善，轄第二、第六、第九團，第三縱隊司令員陶勇，政治委員劉先勝，轄第三、第七、第八團。通過整編，統壹了指揮，統壹 了建制，部隊軍政素質有所提高，面貌為之壹新。
這時，中***中央東南局青年部長陳丕顯率領壹批幹部從江南來到蘇北，協助陳毅領導地方黨的工作。從此，蘇北形勢開始發生了質的變化，與國民黨頑固派韓德勤的鬥爭由爭奪中間力量進入正面交鋒的階段。
蘇北部隊整編後，首要的問題是在何處建立根據地，當時曾有三種設想：壹是北進興化，二是扼守原地，三是東進黃橋。蘇北指揮部權衡利弊，比較得失，認為：興化是韓德勤統治的中心，北進興化違反自衛原則，扼守原地，地區狹窄，糧食給養大成問題，向外發展，必然要與兩李發生沖突，不利於聯李孤韓，黃橋處於靖江、如臯、泰縣，泰興等縣的中心，東可以向通、如、海、啟地區發展，南可以控制長江通道，並且黃橋地區有中國***產黨的工作基礎和土地革命戰爭時期的影響，群眾條件較好。盤踞黃橋地區的保安第四旅何克謙部，勾結日偽，積極反***，攤捐派稅，敲詐勒索，無惡不作，久失人心。所以，第三種設想東進黃橋，政治上有理，軍事上有利。
於是，蘇北指揮部迅即部署東進，首先發布了政治動員令，提出團結、抗戰，反頑口號，要求全體指戰員做好運動戰、殲滅戰的充分準備。陳毅在連以上幹部大會上說：我們這次東進，只能勝利，不能失敗。我們是破釜沈舟，背水壹戰，決不西返。他號召全體指戰員下定決心去爭取勝利。
七月二十五日，蘇北指揮部率部東進，二十六、二十七日通過兩李防區，兩李遵約讓路，部隊對空鳴槍，以掩韓德勤耳目，新四軍則佯作奪路而過。韓德勤發覺新四軍東進，即令何克謙率保安第四旅由黃橋及其以南地區向北攻擊，命令陳泰運稅警總團由曲塘南下至北新街壹帶，南北夾擊，妄圖消滅東進的新四軍部隊於運動之中。
蘇北指揮部根據何克謙、陳泰運兩部的不同情況，分別采取對策，對陳泰運部，在擊潰其兩個團、殲其壹個多營後，便如數遣還俘虜，送還槍支，以示團結抗日。陳泰運表示願意與新四軍合作抗戰。對何部則堅決打擊，蘇北指揮部部署第二縱隊占領黃橋東北的蔣垛、古溪、營溪，第壹縱隊占領搬經，截斷何克謙的退路，第三縱隊攻占黃橋及其以南地區。二十八日經壹夜激戰，壹、二、三縱隊都勝利完成任務，殲滅何部主力近兩千人，並爭取何部特務團陳宗寶部起義。二十九日新四軍占領黃橋。東進部隊乘勝攻克靖江東北之孤山、西來鎮等日偽據點，殲俘偽軍四十多人，並粉碎日偽軍兩次報復性掃蕩。
根據中央“穩步發展”蘇北的指示，新四軍進駐黃橋後，即派出幹部、民運工作隊和服務團，協同地方黨組織發動群眾，積極建設抗日民主根據地。八月初，成立了黃橋軍民聯合辦事處，由蘇北指揮部壹，縱隊政治部副主任陳同生兼任辦事處主任，主持地方行政工
作和戰勤工作，先後恢復了黃橋周圍四個區的行政工作。八月下旬，成立了通如靖泰臨時行政委員會，管文蔚、陳同生分別任正副主任，朱毅、韋壹平、薛漢陽為委員，下設秘書處、行政處、財政處、文教處、軍事處、司法處及民運科。
同時，成立了泰縣，泰興、如臯，靖江四個縣政府，委派惠浴宇、陳同生、梁靈光、劉萬裏為四個縣的縣長。
九月中旬，根據中原局指示，成立了中***蘇中地區委員會，委員：陳毅、粟裕、劉炎、陳丕顯、劉先勝、葉飛、韋壹平、吳仲超、陳光，以陳毅、陳丕顯為正副書記。同時撤銷蘇北特委和江北特委。①成立了泰興、如臯兩個中心縣委，泰興中心縣委書記韋壹平，領導江都、泰興、泰縣、靖江四個縣的工作；如臯中心縣委書記鐘民，領導如臯、南通、啟東、海門、崇明五個縣的工作。
為加速根據地建設，準備還擊韓德勤的進攻，新四軍蘇北指揮部、軍分會於八月二十日下達了《對於創建黃橋大根據地的指示》，著重指出：“目前的工作任務是：積極充實主力，嚴格整訓部隊，努力民眾運動，建立民主政權工作的基礎，隨時準備迎接反掃蕩、反磨擦的勝利。”並對部隊的整訓與擴大、群眾運動、行政工作、黨的工作等都提出了具體的方針和任務。從此，以黃橋為中心的根據地建設逐步開展起來。
行政委員會頒布了抗日民主施政綱領， “二五減租”法令和群眾團體組織法。當“二五減租”的口號提出後，引起了蘇北社會的反響。地主階級聽了國民黨反動派的汙蔑宣傳，害怕“變相***產”、 “慢性***產”；廣大農民希望實行當年紅十四軍時的土地政策，擔心二五減租不是真正***產黨的政策。黨政軍領導針對這些情況，壹面以多種方式向農民、向地主士紳解釋減租法令，壹面領導農民開展減租減息運動。①壹大批農民得到了減租利益。為開辟財源，保障供給，成立了黃橋、周家橋、丁家昕、高家灣、廣陵鎮、，分界√蝦蟆圩等七個稅所，實行壹道稅制的政策，減低了稅率。八月中下旬收稅十壹萬元，九月份增加到二十壹萬元，最高的月份達八十萬元。
為培養軍政幹部，成立了蘇北軍政幹校，吸收了大批知識青年。開辦了黨員訓練班，訓練提高新黨員。出版《抗敵報》 (蘇北版)。成立農抗會、婦抗會、青抗會等抗日群眾團體。新四軍抓緊整訓、擴軍，八月份擴充新兵壹千二百名以上。建立的地方武裝組織有；通如靖泰行政委員會二百多人，如臯縣二百多人，靖江縣壹百多人，泰興縣五六十人，壹些區也建立了二三十人的地方武裝組織。這樣，以黃橋為中心的根據地建設已經初具規模。