律子對MAGI加上666號防壁，SEELE下令直接強行占據NERV本部設施。上午6時正，5國支部MAGI同時入侵NERV本部，目標在奪取MAGI主系統。
同日，SEELE頒報A-801訓令，取消NERV本部所有特權。 戰自大隊入侵，源渡宣報全員進入第壹戰鬥態勢。
第三新東京市遭到N^2爆雷瘋狂轟炸，連同天井都市消失。 7時23分23秒，於46通道發現真嗣。美理出發救援。
明日香被運往貳號機，發射上70米深的湖底。 成功救回真嗣，並帶真嗣往初號機而去。
明日香覺醒，向戰自大隊反擊。 美理在第6緊急電梯入口被槍擊受傷。 美理對真治獻出最後壹吻，之後真治乘電梯到第7收容處。
約2分鐘後，律子意圖執行自爆系統，但失敗。 2分鐘後，貳號機大戰EVA量產機。 美理被炸死亡，享年29歲。 律子被源渡槍殺身亡，享年31歲。
源渡意圖令ADAM與LILITH融合。
貳號機擊敗EVA量產機，電源用盡，但被無故飛來的復制朗基奴斯之槍插中頭部，明日香慘叫。 貳號機暴走，但再被9枝復制朗基奴斯之槍射中。 EVA量產機再起動，並將貳號機肢解。
初號機自行啟動，欲真嗣乘坐其中。朗基奴斯之槍從大氣層飛回初號機前。SEELE所謂的“儀式”開始進行。 EVA量產機在初號機身上刻上聖痕。 EVA量產機與初號機形成了Tree of Sephirot。 S^2機關解放，釋放高能量爆炸，戰自大隊全滅。
地下都市回歸真實面貌，LILITH之卵，黑之月。
18使徒出現。 零背叛源渡，自行和LILITH融合，源渡失去右手。
EVA量產機與零同化。真嗣心理圖混亂。初號機與朗基奴斯之槍同化，形成生命之樹。反AT力場增大，生物已無法保持形態。
補完計劃最後階段。 靈魂之屋開啟，全人類形體化成LCL。 真嗣放棄補完計劃，走出第十八使徒。最後，地球出現生命之海。只剩下真嗣和明日香存活於世。
第十七使徒被消滅後，NERV的工作似乎已經結束，各個部門的職員們正在祥和的氣氛中談論以後的去向。這時，NERV本部突然遭到了戰略自衛隊（後簡稱戰自）的襲擊。原來戰自得到消息稱NERV企圖引發“第三次浩劫”，於是他們標榜著“保護全人類”的口號對NERV的工作人員進行了慘無人道的大屠殺。
殺死了渚薰以後，碇真嗣無法再振作起來，整天沈浸在痛苦的思考中，無心去應付戰自以及來自人類補完委員會的EVA量產機的攻擊……
精神崩潰了的明日香失去了生存的意誌，但當受到戰自的威脅、生命危在旦夕的瞬間，她感受到了EVA機中母親的存在，並在駕駛艙內見到了母親的笑顏。突破了心之障礙的明日香覺醒過來，與戰自以及EVA量產機展開了殊死的戰鬥……
為了與碇唯再會而被制造出來的綾波麗，在與碇源堂約定之時，來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊。無論是作為容納碇唯靈魂的容器或是“人類補完計劃”的道具，她的命運也會就此結束（再生？），而已感到自我靈魂存在的麗的抉擇是……
在戰自的攻擊之下，葛城美裏不但要完成加持良治未完成的對“第二次浩劫”真相以及“人類補完計劃”的探查工作，還要保護真嗣與明日香以及防備Seele 對初號機與二號機的物理接觸，她的忙碌直至被戰自的流彈擊中為止。
出於對碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但擁有赤木尚子思維方式的MAGI選擇了碇源堂而放棄了自己的女兒，拒絕了自爆的提議。之後，律子被源堂射殺……
根據《死海文書》所記載，十數年後壹定會引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成《人類補完計劃》。他們壹方面告知戰自NERV企圖引發第三次浩劫，挑動戰自攻擊NERV，另壹方面指揮量產機與EVA作戰。Seele使用如此殘虐的手段，其目的是——改變人類物質存在方式的通過儀式。
長期與Seele***事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，為了防止人類“最終的悲劇”，將人類引導入“新的世界”而醞釀了他們自己的“人類補完計劃”。碇唯於2004年作為“被試驗者”在試驗中消失，十年後，源堂與冬月希望通過麗與莉莉斯的融合去補完人類，但在那之前，源堂希望能與碇唯相聚……
“人類補完計劃”實行——除真嗣與明日香之外，全人類失去了物質形態與絕對領域，融合成了壹個整體。