身為女明星的工藤有希子和沙朗壹起向魔術師黑羽盜壹（即怪盜Kid的父親）學習易容術，兩人因此相識。
真實身份為黑衣組織殺手的沙朗殺害了壹直在調查組織的FBI探員，即朱蒂的父親，並放火燒了朱蒂的家以毀屍滅跡，只有年幼的朱蒂幸免於難，並被她父親的同事以“證人保護計劃”保護起來。沙朗對小朱蒂說的“A secret makes a woman woman”令她印象深刻，並成為她日後的口頭禪。（奇怪的是，當時既有朱蒂這個人證，又有沾有沙朗指紋的朱蒂父親的眼鏡這個物證，為何不把沙朗抓起來呢？可能她已經易容了吧。）
高中生工藤新壹和青梅竹馬毛利蘭到紐約遊玩，有希子招待他們看百老會的歌劇《黃金蘋果》，在劇院門口兩人遇見並認識了沙朗，但是在歌劇開演前沙朗借口有事先行離開。歌劇中發生謀殺案，新壹協助破案後，有希子留下錄口供，讓兩人先乘taxi回酒店。路上兩人為找沙朗給蘭的手帕而下車，蘭先是遇見了正在追捕銀發強盜的赤井秀壹，後又在廢倉庫遇見受傷逃跑中的銀發強盜。銀發強盜欲將二人滅口之際因欄桿斷裂而從高處掉落，被蘭和新壹所救，事後銀發強盜被發現自殺，但是可疑的是現場所有的痕跡都被抹去。按照後來劇情的說法，當時的銀發強盜其實是沙朗為讓赤井秀壹掉以輕心以便於刺殺而假扮的（但似乎仍沒有成功，自己倒掛了彩）。這也是為什麽現場所有的痕跡都被抹去的原因（當然真正的銀發強盜早已被滅口並偽裝成自殺）。可見當時赤井應該已經與黑衣組織有聯系，不然沙朗不會大費周章要殺掉他。從沙朗躲起來但看到赤井秀壹都不敢開槍來看，黑衣組織對其應該極為懼怕。長發，敏銳的洞察力，外表冷漠，和Gin相似的狠勁，在這次事件中展示了出來。正因為沙朗被兩人救過命，所以日後才對兩人處處維護。事後她在和有希子的電話中提到“看來我也有自己的天使”指的應該就是蘭（此後壹直將蘭稱為天使）。另外故事最後提到赤井秀壹和FBI在壹起，暗示了他的身份。
沙朗假造了自己的死亡，並以自己的女兒克裏絲的身份繼續生活，在組織裏代號是“貝爾摩德（Vermouth，即苦艾酒）”。假造死亡的原因可能是身份暴露，不過她應該有過某種際遇，以至於真實的容貌變得很年輕（個人認為可能與APTX4869有關）。以後就稱她為“貝爾摩德”。
工藤新壹之後有壹次和蘭壹起去遊樂場玩時發現黑衣組織的交易，在跟蹤過程中不慎被打昏，並被Gin（琴酒）強行灌下了APTX4869而變成了柯南。為了掩飾身份，柯南寄住在蘭的家裏，並在帝丹小學就讀。
在“電玩公司殺人事件”中，柯南偶遇黑衣組織的成員Tequila（龍舌蘭），但是他被炸死了。
黑衣組織的基層成員宮野明美（化名廣田雅美）參與了組織10億元銀行搶劫案，得手後因背叛組織被Gin所殺，其妹宮野誌保因此不願繼續APTX4869的研發而被囚於瓦斯室。絕望中她服下了偷藏的APTX4869想要自殺，沒想到與新壹壹樣沒被毒死而身體縮小成兒童時期的模樣，得以掙脫手銬從垃圾通道逃了出來。她知道新壹也變小了，所以想要向他求助，最後倒在新壹家門口，被阿笠博士所救，並寄住在阿笠博士家，與柯南同樣就讀帝丹小學，並改名灰原哀。
“黑暗中的死角殺人事件”中，新出明智（就是那個常在帝丹高中出沒的醫生）的父親被其繼母殺害，在柯南的協助下破案（這是真正的新出明智唯壹的壹次出場，直到“與黑衣組織的直面對決，滿月之夜的雙重謎案”之後）。同時為保護無辜的女傭，警方修改了案件紀錄，這壹點日後成為朱蒂用來指證假冒的新出明智的重要根據（這個故事是100多集的時候，可見73老狐貍兩年多以前就開始埋下伏筆，果然是老狐貍）。
“與黑衣組織的再會”，哀被組織成員Pisco（皮斯克）綁架，後在柯南的協助下逃脫，Pisco因身份暴露被Gin滅口（當時貝爾摩德也在現場，事後息影並在日本定居下來）。由於哀感覺當時有其他組織的成員在場，事後柯南開始懷疑她也是組織的壹員。
貝爾摩德制造車禍企圖害死新出明智壹家，並開始假冒新出明智的身份。另壹方面，長大的朱蒂加入了FBI，追查貝爾摩德來到了日本，在察覺了貝爾摩德的企圖後暗中救下新出明智，並且自己以蒂丹高中英語老師的身份潛伏下來，以便於監視。朱蒂通過比對指紋，發現了沙朗＝貝爾摩德的秘密。
“危命的復活”，柯南變回新壹並化妝成黑衣騎士與蘭見面，被化身成新出的貝爾摩德以及朱蒂老師發現。貝爾摩德這時就已經知道新壹沒死，但是估計還沒猜到柯南＝新壹，也沒有告訴組織。
“格鬥遊戲的陷阱”中，朱蒂與柯南相識，並看見他借助園子破案。這是朱蒂的首次正式登場，顯然她發現了柯南不簡單，並且可能已經知道了內幕。不過事後她打電話給同伴時，“腐爛的蘋果”這壹代號指的是化妝成新出的貝爾摩德。可惡的老狐貍在此處就說“蘋果是智慧果，暗指偵探”，明顯的誤導啊！
“神秘的乘客”——本集剛開始時Gin和貝爾摩德的壹段就表明了本集與主線有關。少年偵探團和博士壹行在公車上遇到壹起去美術館的朱蒂和新出，這時哀感到車上有組織的成員而變得非常害怕。後來公車被強盜劫持，雖然最後在眾人的努力下強盜被抓，但是哀留在快爆炸的公車上想壹死了之，最後被柯南所救。現在看來哀感覺到的組織成員就是貝爾摩德（但老狐貍誤導我們往赤井秀壹這邊靠），而朱蒂與她在壹起應該是為了監視其行蹤。同時，本集也是赤井秀壹的第壹次正式登場，在最後他的報告“目標還沒有出現”表明他正在監視什麽人，有說法認為他在監視貝爾摩德，但我認為朱蒂既然已經知道新出的身份，沒必要讓赤井協助。所以目標應該不是貝爾摩德，有可能是因為搜查新出（貝爾摩德）辦公室時看見了哀的照片，所以在尋找哀。因為貝爾摩德也在找，所以他跟蹤她尋找哀的可能性極大。好在在柯南的掩護下無論是朱蒂和赤井或是貝爾摩德都沒有發現到哀。老狐貍又壹次將我們的視線集中在赤井身上，欲誤導我們赤井的身份）。另外值得壹提的是新出（貝爾摩德）在車上有維護柯南的舉動。
“從芝加哥來的男子”中，柯南等人認識了來自芝加哥的老人“詹姆士?布萊克”，後來他被誤認為是某名人而遭綁架，後在柯南的協助下被救，並被赤井接走。這個詹姆士應該是朱蒂和赤井的上司，這壹集主要就是讓他露壹下面，以免日後出現時過於唐突。這裏要八卦壹下，最後赤井提到自己被女朋友甩了，個人感覺這個女朋友是哀的可能性非常大^_^。
佐藤警官去和白鳥警官相親，最終高木在柯南的幫助下成功阻止。本集雖然是本廳刑事戀愛物語，但值得註意的是柯南是利用新出來達到冒充高木的目的的，但新出（貝爾摩德）幫助他圓了謊，這表明了貝爾摩德此時已經知道了柯南＝新壹的秘密，原因可能是身為有希子的朋友，她很可能見過新壹小時候的照片，因此發現了這個秘密。當然，她仍然誰也沒告訴。另外從這壹集開始新出出場的次數開始頻繁，暗示他是與主線相關的人物。
“犯罪的紀念品事件”，案件本身無關緊要，與主線有關的是暮目警部提到與毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，暗示有人在調查他們，弄得柯南相當緊張。偷案卷的是貝爾摩德，主要目的是了解與新出相關的那個案件（可惜仍然遺漏了女傭那個細節），將相關案卷全部偷走就是為了誤導FBI她的目標和毛利有關，在故事的最後有赤井監視毛利偵探事務所的畫面，表明了FBI果然將註意力轉向毛利。同時關於赤井的身份我們也進壹步被老狐貍誤導。
“叉方塊三角（×□△）事件”，案件本身仍然無關緊要，重點是柯南又壹次在朱蒂面前破案。本集有幾點值得註意：壹是朱蒂在談話中暗示柯南其身份已經暴露，並且提到了FBI，二是在案件中蘭回想起自己曾經見到過“帶黑色針織帽的男子（即赤井秀壹）”。最後就是在故事結尾貝爾摩德發郵件給Gin，提到了Sherry（雪利酒，宮野誌保在組織裏的代號），並且向打了叉的宮野誌保（即哀）的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片。可能這個時候貝爾摩德正式接到組織追殺哀的指令。
“西部明偵探VS英語老師”——案卷的丟失讓柯南很不安，他基本肯定了克裏絲是組織的成員，並進壹步懷疑朱蒂＝克裏絲，剛巧趕來的服部平次（補充：服部平次——關西高中生偵探，與工藤新壹齊名，與柯南第二次見面時就已識破其身份，後兩人很有默契地保密至今，與柯南攜手破了不少案子，但畢竟不是主角，總感覺推理不如柯南）對此很感興趣，於是鼓動柯南去朱蒂的公寓試探。在雙方接觸過程中發生命案，案子雖然解決，但是對朱蒂的試探未果。本集的重點就是在最後朱蒂的浴室鏡子後面出現的柯南和蘭的照片，並且照片上的字跡和貝爾摩德的壹模壹樣，按照後來的說法，這是朱蒂曾潛入新出（即貝爾摩德）的房間，發現相關的照片後復制的。同時朱蒂也借此知道了貝爾摩德的目標是哀，不過當時這些照片的出現，老狐貍顯然給了我們朱蒂＝貝爾摩德的很大的誤導。另外柯南最後說的除朱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出。
少年偵探團去森林中尋找光彥，本集提到了另壹個組織的成員邵淵己壹郎，其實此人在浪花連續殺人事件就曾出現，而且不過是組織裏壹個無足輕重的小角色而已。
“黑色的足跡”中，小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委托人的談話中柯南了解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員Tequila接觸的對象。最後通過追查案件，柯南獲得了組織的線索——板倉的日記。案子的最後柯南和蘭遇到了赤井秀壹，在談話中赤井提到了壹個表面堅強、暗地流淚的女孩（應該就是指他的女朋友，哀的可能性非常大）。另外借此柯南也了解到了當年蘭和赤井相遇的事情。PS：曾經有人提到，對赤井說蘭“經常”哭感到難以理解，其實這是因為赤井曾經監視過毛利偵探事務所，因此多次看見蘭暗暗哭泣。覺得他這句話是對柯南說的，表明自己就是監視毛利偵探事務所的人，但是沒有惡意。
柯南通過板倉的日記了解到了黑衣組織的行蹤，並試圖冒充板倉與Vodka（伏特加）接頭，但是被Gin識破而失敗。雖然是和黑衣組織的較量，但是和主線劇情的關系並不大（感覺Gin和伏特加都被排除在主線之外了）。唯壹的影響就是最後柯南和哀離開時“恰巧”被赤井看到，好像哀也對此有所感覺，驚慌地回頭時赤井已經消失。另外板倉的日記中提到黑暗組織的龐大計劃甚至將影響到人類的前途，看來我們的柯南離“拯救世界”的老套不遠了。
“金錢買不到的友情”，劇情本身和主線無關，但是在開始時，阿笠博士提到哀的父親宮野厚司是壹個很有名的瘋狂科學家，而母親艾雷娜是壹個英國留學生，並且黑衣組織可能正在從事讓死人復活的可怕計劃。
在“黑暗中的圈套”中，少年偵探團遇到殺人事件，柯南協助解決。其中值得註意的是在故事的整個過程中柯南和哀都感覺到自己被人跟蹤，不過跟蹤者最後被迫放棄。最後赤井秀壹的出場，表明跟蹤他們的人是FBI。由於哀與照片中的人物相似，因此FBI猜測她就是貝爾摩德的目標。另外最後赤井對著哀的照片說了壹句“真是太像了”，暗示他和哀以前就曾相識，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常聯系，也不是經常互通信息。
哀得了感冒發燒，博士和柯南送他去醫院，但在停車場遇到命案而被阻，後來又遇到購物中的蘭、園子和朱蒂，發現他們行蹤的赤井秀壹也跟蹤而至。最後柯南解決了案件，但是博士卻借朱蒂的車將哀送回了家，並找來新出醫生給哀看病。故事的最後出現了貝爾摩德將哀的照片燒毀，並說“準備好了嗎？我發現了，我去找妳了。”的畫面。這下哀可算是徹底暴露了（博士啊，博士），貝爾摩德和FBI雙方都知道了她的住址，貝爾摩德還在博士家安了竊聽器。
博士帶柯南和哀去訪問哀父親生前的好友——設計師出島壯平，試圖了解更多關於哀父親的事。當然在設計所免不了又發生命案。柯南在破案的同時，也找到了由哀的姐姐明美設法藏在設計所的，哀的母親留給哀的錄音帶。哀的母親在留給哀19歲的錄音中應該提到了某件驚人的事情，不過出於老狐貍愛賣關子的癖好，我們對此仍壹無所知。另外在故事的最後，貝爾摩德打電話找組織成員“Calvados（卡爾瓦多斯，即蘋果酒）”來幫忙，正策劃著某項行動。PS：這位Calvados可算是組織出場成員中最黴的壹個，連個臉都沒露就掛了。
朱蒂辭去了帝丹高中老師的工作（顯然預示著將有所行動）。不過在蘭和園子到朱蒂家開Party時，蘭意外發現了鏡子背後的照片。
“與黑衣組織的直面對決，滿月之夜的雙重謎案”——終於到了高潮了，各方勢力都有所行動。貝爾摩德策劃了幽靈船活動，邀請了小五郎、新壹和Gin，試圖“調虎離山”引開柯南而刺殺哀。朱蒂了解到了這個計劃，欲搶先壹步接走哀並試圖將貝爾摩德引入陷阱，但貝爾摩德已經知道了這個陷阱，並將計就計作了安排。另壹方面，柯南邀請服部化妝成自己赴會，而自己在母親有希子的幫助下化妝成哀試圖和黑衣組織接觸，但哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟蹤眼鏡跟蹤前往。最後，蘭因為想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽車後備箱裏……真是錯綜復雜，其間各方勢力相互沖突，各個謎底紛紛揭曉，形勢幾變，具體情節也不詳述了。最後貝爾摩德還是逃脫了赤井的追捕，也又壹次放過了柯南，並且向Gin隱瞞了柯南和哀的事，而朱蒂設法瞞過了蘭，蘭仍然壹無所知……其間赤井身份終於真相大白——FBI特工。事件中，他用槍打斷埋伏在集裝箱處的Calvados的雙腿（後者在事件最後自殺），解救了朱蒂，並用霰彈槍打斷身穿防彈衣的貝爾摩德的三根肋骨（可見是個可怕的角色）。當他用戲諧的語氣說出“來福槍，霰彈槍，還有三把手槍，我還以為是個軍火販子呢，不過現在斷了雙腿，作不成交易了。”時，其對黑衣組織成員冷酷無情的酷勁展現無遺。被黑衣組織稱為“銀色子彈（Silver Bullet，雞尾酒的壹種）”（是壹種狼人喝了會現出原型的酒）的赤井，在其他FBI被貝爾摩德用易容術支開後還能回來解救朱蒂足見其智慧。總之壹切情形照舊，老狐貍騙錢計劃繼續！但令人欣慰的是覺得多了壹支生力軍，從此柯南不再孤單，有FBI的介入，更增添了信心。加上赤井秀壹這樣的狠角色，使人看到Gin也不像以往那般畏懼，並期待他們二人能上演壹場精彩的對決。PS：在最後赤井說出了“現在還不是我和那個茶發女孩（指哀）見面的時候”的話，表明他們有深厚的關系，而事後朱蒂曾邀請哀加入“證人保護計劃”，被哀拒絕。
“黑色的沖擊！黑衣組織魔爪伸出的瞬間”，承襲了老狐貍的壹貫風格。小五郎在與播音員水無憐奈的對話中得知她被惡作劇的門鈴所困擾，便與柯南和蘭壹同前往憐奈家。小五郎等人雖抓到了“犯人”（其實是個小孩），但同時，柯南卻從安裝的竊聽器中覺察到憐奈實際是黑衣組織成員（代號“Kir，基爾酒”）壹事。隨後，黑衣組織制定了於下午1點在ADP地點暗殺壹個代號為DJ的人的計劃。密切關註著憐奈的FBI探員朱蒂決定聯手柯南。為了阻止暗殺計劃，就要知道ADP地點和DJ的意思是什麽，隨即展開了推理……終於代號毫無懸念的被解開，柯南和朱蒂及時趕到了現場，在Chianti（基安蒂）和Korn（科恩）（兩位新登場的人物，組織中厲害的狙擊手，因為Calvados的死而很討厭貝爾摩德）動手狙擊前阻止了暗殺。最後水無憐奈（Kir）失手被擒，身受重傷，至今仍昏迷不醒。同時Gin發現了柯南遺留的竊聽器，第壹時間聯想到與憐奈有過偶然接觸的我們的毛利偵探。於是暗殺指令目標直指小五郎，地點——米花町五丁目毛利偵探事務所……！赤井又在最後時刻登場，解救了Gin等人槍口下的毛利及朱蒂、柯南等人，用精準的槍法打壞Gin捏在手裏的沾有柯南指紋的竊聽器，險些洞穿Gin左眼，與黑衣組織用狙擊槍進行了槍戰，似乎擊中了Gin（穿防彈衣），使Gin被迫下達撤退的指令。有史以來第壹次看見Gin緊張的表情，真是過癮啊！（ 同時在本集詹姆士說出了赤井秀壹女友已經死亡。）赤井精準的槍法，準確的預見能力，以及那句“久違了，我親愛的——宿敵啊”，讓人覺得黑衣組織除了新壹之外，實在是該先考慮把他除掉再說^_^。
主線故事至此暫告壹段落，以下是還未得到老狐貍證實的推測：
水無出事之後，蘭的班上就來了個轉校生——“容貌酷似水無憐奈”的本堂瑛佑（很大智若愚的角色）。由於自稱崇拜毛利小五郎，不久就到毛利家玩，然後又到處“磕磕碰碰”，很可疑哦！之間應該不會沒有壹點關系吧？水無憐奈不是曾對柯南說過她有個弟弟嗎？且本堂並不是看起來那麽傻：他壹開始是這麽對小五郎說的：“請把您的運氣分給我壹點吧！因為您不是壹直在睡著的時候解決事件的嗎？運氣實在太好了！壹定是那時有神明附在您身上！”這句話很可疑，似乎話中有話。柯南也曾懷疑過他，但似乎被他掩飾過去了。在之後的幾個案子裏，他偶爾也會發表壹句名推理。最可疑的是本堂瑛佑總是在暗中觀察柯南的壹舉壹動（這在最近的446-447“被封印的歐式窗戶”中相當明顯），發覺這點的柯南無法在案件中順利使用麻醉針。種種跡象表明，本堂瑛佑壹開始就不是沖著小五郎來的。作為壹個轉校生，轉學之前是不可能認識柯南的吧，來了就把矛頭直指柯南，這說明他是有來頭的。那他的真正目的又何在呢？他又是從何而來呢？純屬虛構的幾種猜測：壹、他是好人 。但老狐貍不會隨隨便便在情節裏突然加上這麽個“好人”，壹定對故事情節有推動作用，可能是和組織有點關系的。二、他是壞人 。而且有可能就是組織的頭目，而且是吃了APTX4869變小的水無憐奈的父親。水無落到FBI手中後，組織本應該立刻除掉她，但沒有這樣做，所以壹定有原因，由於是自己的女兒，所以組織頭目決定親自出馬來到毛利家中調查。水無看似不是出於自願加入組織，可能也是這個原因。三、他是水無的弟弟並知道組織的事情。他隱約感到了柯南就是新壹的事實但並不確定，便來到柯南處暗中觀察柯南。總而言之，本堂瑛佑真正的身份還是要等老狐貍來解答了。
PS：組織的郵件歌曲《7子之歌》是壹首悲傷的歌。Vermouth（貝爾摩德，苦艾酒）曾經說過“我是被神遺棄的人，天使從來都沒有對我微笑過，壹次都沒有”。（本唐瑛佑也說過“自己是被神所嫌棄的孩子”，因為他運氣很差，看來越來越覺得此人不是尋常人物。）再說，從哀的性格來看，似乎哀也是壹個自卑悲傷的人，總是逃避現實等等。好像組織的人都是有著類似“被神拋棄”的經歷啊，值得深思……
有些部分還沒更新，LZ將就著看吧……