1、違法占用永久基本農田。我國對基本農田是有嚴格的保護制度的。如果實在沒地建房，要占用壹般耕地建房，可按相關流程申請，經審批通過後可以建房；但如果想占用基本農田建房，那是不行的，是違法的。所以這種情況是不可能確權的。
2、農村集體經濟組織非法改變用途出讓或出租農村集體土地進行非農業建設。我國土地實行嚴格的用途管理制度，不能隨便改變用途的。《土地管理法》規定，不按照批準的用途使用土地的，農村集體經濟組織報經原批準用地的人民政府批準後，可以收回土地使用權。
3、城鎮居民在農村購置宅基地。城鎮居民在1999年之後在農村購置的宅基地是不能確權的。因為在1999年國務院辦公廳印發了壹個通知，通知明確規定：“農民的住宅不得向城市居民出售，也不得批準城市居民占用農民集體土地建住宅，有關部門不得為違法建造和購買的住宅發放土地使用證和房產證。”
4、農民住宅或“小產權房”等違法違規行為未處理或正在處理的。由於各種原因，目前很多家庭存在著超占宅基地面積的情況，這種情況會區分歷史階段，進行相應處理後再進行確權，未處理前自然是不能確權的。
5、已擁有壹處宅基地，另購買集體土地上的房屋作為住宅的，只確權登記壹處宅基地使用權。
6、已納入城市規劃區並成片征拆範圍的，地方可根據實際情況不列入此次確權登記範圍。如果不久後就要拆遷了，而宅基地確權還是需要花費大量的人力物力的，這種情況也就沒必要確權了。
7、法律、法規規定的其他不予登記的情形。