1887年，孫中山進入香港雅士麗醫學校，經過五年的潛心苦讀，1892年7月23日 他以各門功課壹百分的優異成績畢業，獲得了由香港總督羅邊臣親自頒發的畢業證書。
畢業後被澳門華人公立的鏡湖醫院聘為西醫科主任。鏡湖醫院是壹所簡陋的廟堂式醫院，始創於清代同治十年，由當地華人創辦與管理，最初的辦院宗旨是"贈醫施藥、為民解困、興學育才"，早期主要以中醫中藥服務為主，當滿懷誌向的孫中山來到這所醫院後，不但為醫院創辦了西醫門診，而且憑借精明的醫術，義務服務當地民眾，當時的人們都稱贊他的舉動為"懸壺濟世，貧苦受益"。
他是這所中醫院第壹位受聘的西醫，每日上午在該醫院出診贈醫，不受分文。下午在仁慈堂右鄰寫字樓應診，周日10時至12時在此接種牛痘。當時鏡湖醫院沒有西藥，孫中山先生想出"自願贈醫"、"藥局贈藥"的辦法，由他向鏡湖醫院借款白銀1400兩，開辦中西藥局。孫中山贈診後，由這個藥局贈西藥給病人。
從醫之初，就曾為壹膽結石病人做手術，成功地取出壹個大如雞卵，重壹兩七錢的結石。這在當時委實罕見，以此聲名鵲起，口碑載道，求醫者接踵而至。
壹段時間以後，孫中山欲意自辦醫院，他通過老友楊鶴齡的舉薦，得到好友楊鶴齡的妹夫、澳門紳士鏡湖醫院總理吳節微的擔保，從鏡湖醫院借款1444兩，於1892年12月18日在澳門草堆街80號開設了自己的醫院，取名"中西藥局"，孫中山先生以此成為在澳門西醫開業首位華人。醫院除診病外，還出售冷丸、癬皮膚水、止牙痛水、拔毒生肌膏等中西藥物。孫中山高明的醫術和醫德受到報刊的贊譽。《鏡海叢報》於1893年7月25日登載了題為《神乎其技》的告白，稱誦其醫術高明，"不過七日之功"而治愈患者20余年的痔疾。後為病家治病，"或數十年之肝風，或十年之腦患，或六十余歲之咯血，均各奏神速"。
孫中山在澳門行醫的各項門診、出診時間以及收費標準：
早晨7時起至9時止，在"草堆街中西藥局診癥，醫金為2毫。”
由10時起至12時，"在鏡湖醫院贈醫，不受分文，以惠貧乏。"
下午1時至3時，在"仁慈堂右鄰寫字樓診癥"醫費1元。
"3時以後，出門就診，其所定醫金，俱余減贈，他如未訂各款，要必審視其人證，不事奢求。"
由於孫中山醫術精明，待人親切，無論門診或出診，診費壹律隨意而付，加上他特別擅長外科手術和治療肺病等，因此在澳門行醫"不滿三月，聲名鵲起"，"就診者戶限為穿"。
孫中山醫院生意日隆，引起當地葡萄牙籍醫生的嫉妒，按當時澳門法律，在澳門行醫的西醫，只能憑葡萄牙醫科畢業證書請領行醫執照，壹些葡籍醫生抓住這點告狀，孫中山受此限制難以立足，遂赴廣州行醫。1893年9月26日，《鏡海叢報》刊登了壹則"聲明告白"，這是孫中山在澳門行醫的最後記載：啟者，本醫生省有事，所有中西藥局事務，統交陳孔屏兄代理壹切，出入銀兩借匯兌等件陳孔屏兄簽名即算為實，別無異言。光緒19年8月16日，孫逸仙謹啟
孫中山先生後來在自傳中談及此事時說："設醫館於澳門，為葡醫所忌，遂遷廣州"。但他在鏡湖創立的中西藥局仍維持營業多年，並成為革命黨人在澳門活動的據點之壹。
從1892年9月孫中山受聘鏡湖醫院起，到這則"聲明"發表之日，表明孫中山在澳門行醫有整壹年的時間。
這是當時廣州《中西日報》所刊載的關於孫中山的鳴謝廣告及行醫廣告：
其壹
孫逸仙先生學宗孔孟，業紹岐黃，合盧扁而擅專門，內治與外施並美；統中西而探奧旨，針砭並刀割兼長。其平生醫學精純，業經大紳諸公合詞稱頌，登諸嶺南諸報矣。余也不敏，質樸無文，偶罹牙齒之災，竟徹晨宵之痛，疾儼不伸之指，秦楚尋醫，患同如搗之心，星霜屢易。諸醫罔效，累月經時，幸遇先生略施小技，刀圭調合，著手成春，數月病源，壹朝頓失。復荷先生濟世為懷，輕財重義，藥金不受，禮物仍辭。耿耿私心，無以圖報。謹將顛末，爰錄報端，用誌不忘，聊攄微悃，不特見先生醫學之良，抑以表先生人品之雅雲爾。
武泌謹啟
其二
春盎仙城 敬啟者，本局敦請大醫生孫君逸仙來省濟世，舊歲底因事返澳度年，今已由澳回省，謹擇月之初十日開辦，所有贈醫出轎規矩，壹律如前。每日十點鐘至十二點鐘在局贈診，不受分文，以惠貧乏。求醫者，須在十點鐘以前來局掛號，午後出外診癥，西關收轎金壹元，城內南關西門河南等處轎金加倍，謝步隨意致送。凡延診者預早到局掛號，先生素以濟人利物為心，若有意外與夫難產服毒等癥，報明危急，無論貧富，俱可立時邀致，設法施救，幸毋觀望，以免貽誤，此布。
冼基東西藥局謹啟
1903年，孫中山到達檀香山開始了職業革命者的生涯。然而，親友染疾，總是找他治療。盛情難卻之下，他重操舊業，往往手到病除，引得眾人嘖嘖稱奇。1908年，孫中山在新加坡時，中興報記者因眷戀身在廣東的妓女而口患疾病。孫中山壹看便知其病，馬上開出藥方，壹星期之後，該記者大病痊愈。
孫中山平時不服補藥，在東京時偶爾服用對神經衰弱和健腦有益的"次亞磷"。他曾勸秘書馮自由服用，當時正患腦疾的馮服用壹年之後，竟獲奇效。
有壹次，馮自由問他，耽擱這麽多年之後如果再行醫，須準備多長時間。孫答曰必須用功壹年，才敢出診。其嚴謹認真，可見壹斑。但令人費解的是，這樣壹位曾經行醫為生的人卻對中醫不屑壹顧，至死都不肯服用中藥。
我們不妨這樣設想，如果孫中山沒有成為職業革命家。或許，他可以成為壹個醫術精湛的良醫。吾等燕雀，安知孫中山之向往？其兄孫眉壹語道破天機：行醫只能救少數人，革命則能救多數人，吾弟奔走革命多年，應始終壹貫，豈可輕易變更，前功盡棄雲雲。