對本辦法所列違法行為，著作權行政管理部門可以自行決定立案調查，也可以根據有關部門移送的材料決定立案調查，或者根據被侵權人、利害關系人或者其他知情人的投訴或者舉報決定立案調查。投訴人申請查處本辦法所列違法行為時，應當提交申請書、權利證明、被侵權作品(或產品)等證據。
申請書應當寫明當事人的姓名、地址以及申請調查所依據的主要事實和理由。
投訴人委托代理人代為申請的，代理人應當出示授權委托書。立案時，應當填寫立案審批表，並附相關材料，包括投訴或者舉報、上級著作權行政管理部門交辦或者有關部門移送的相關材料、執法人員檢查報告等。，應當經本部門負責人批準，並指定兩名以上辦案人員負責調查處理。
辦案人員與本案有利害關系的，應當自行回避；沒有回避的，當事人可以申請回避。辦案人員的回避應當經本部門負責人批準。負責人的回避，應當經本級人民政府批準。執法人員在執法過程中，發現違法行為正在實施，且情況緊急不宜立案的，可以采取下列措施:
(壹)制止或者糾正違法行為；
(二)對侵權嫌疑產品、安裝和存放侵權嫌疑產品的設備以及主要用於違法行為的材料、工具、設備依法先行登記保存；
(三)收集、獲取其他相關證據。
執法人員應當將有關情況和材料及時報告所在地著作權行政管理部門，並自發現之日起七日內辦理備案手續。立案後，辦案人員應當及時進行調查，並要求法定舉證責任人在著作權行政管理部門指定的期限內舉證。
調查人員在收集證據時，可以采取下列措施收集和取得相關證據:
(壹)查閱、復制與涉嫌違法行為有關的檔案、賬冊及其他書面資料；
(二)對涉嫌侵權的產品進行抽樣取證；
(三)對涉嫌侵權的產品、安裝和存放涉嫌侵權產品的設備、涉嫌侵權的網站網頁、涉嫌侵權的網站服務器以及主要用於違法行為的材料、工具、設備依法先行登記保存。辦案時收集的證據包括:
(壹)書證；
(二)物證；
(三)證人證言；
(四)視聽資料；
(五)當事人的陳述；
(六)評估結論；
(七)檢查和勘驗記錄。辦案人員應當經本部門負責人批準，向當事人送達先行登記保存證據通知書。證據保全期間，當事人或者有關人員不得轉移或者銷毀相關證據。
先行登記保存的證據應當加蓋著作權行政管理部門先行登記保存的印章，由當事人就地保存。對先行登記保存的證據，確需移至其他地方的，可以移至適當地點保存。在緊急情況下來不及辦理本條規定的手續時，辦案人員可以先采取措施，事後及時辦理。對先行登記保存的證據，應當在《證據登記保存通知書》送達後七日內作出以下決定:
(壹)需要鑒定的，進行鑒定；
(二)違法事實成立，應當沒收的，依照法定程序予以沒收；
(三)應當移送有關部門處理的，應當將案件及證據移送有關部門處理；
(四)違法事實不成立，或者依法不應當沒收的，解除登記保存措施；
(五)其他相關法定措施。著作權行政管理部門擬作出行政處罰決定的，部門負責人應當出具行政處罰事先告知書，告知當事人作出行政處罰決定的事實、理由和依據，並告知當事人依法享有陳述、申辯等權利。
行政處罰事先告知書應當由著作權行政管理部門直接送達當事人，當事人應當在回執上簽名、蓋章。當事人拒絕簽收的，送達人員應當註明情況，將送達文書留在受送達人的住所，並向本部門負責人報告。著作權行政管理部門也可以郵寄方式告知當事人。如果找不到當事人，可以公告告知。當事人要求陳述或者申辯的，應當在被告知後七日內，或者自公告之日起三十日內，向著作權行政管理部門提交陳述、申辯意見及相應的事實、理由和證據。當事人在此期間未行使陳述和申辯權利的，視為放棄權利。
通過直接送達方式通知的，以當事人收到的日期為通知日期；郵寄通知的，以回執上註明的收件日期為通知日期。辦案人員應當充分聽取當事人的陳述和申辯，對當事人提出的事實、理由和證據進行審查，並提交審查報告。
著作權行政管理部門不得因當事人申辯而加重處罰。著作權行政管理部門負責人應當對案件調查報告和審查報告進行審查，並根據審查結果作出以下決定:
(壹)屬於應當給予行政處罰的違法行為的，根據侵權人的過錯程度、侵權時間長短、侵權範圍和損害後果給予行政處罰；
(二)違法行為輕微並及時糾正，未造成危害後果的，不予行政處罰；
(三)違法事實不成立的，不予行政處罰；
(四)違法行為涉嫌構成犯罪的，移送司法部門處理。
對復雜或者重大違法行為給予較重的行政處罰，應當由著作權行政管理部門負責人集體討論決定。情節嚴重的，著作權行政管理部門可以沒收主要用於制作侵權產品的材料、工具和設備。
有下列情形之壹的，屬於前款所稱“情節嚴重”:
(壹)違法所得數額(即獲利數額)在2500元以上的；
(二)非法經營數額在壹萬五千元以上的；
(三)經營侵權產品在250份以上(含壹份以上)的；
(四)因侵犯著作權被追究法律責任，且侵犯著作權的；
(五)造成其他重大影響或者嚴重後果的。著作權行政管理部門在作出較大數額罰款或者法律、行政法規規定應當聽證的其他行政處罰決定前，應當告知當事人有要求聽證的權利。
前款所稱大額罰款，是指對個人2萬元以上、對單位10萬元以上的罰款。地方性法規對聽證要求另有規定的，按照地方性法規辦理。著作權行政管理部門決定給予行政處罰的，應當制作行政處罰決定書。
著作權行政管理部門認為違法行為輕微，決定不予行政處罰的，應當制作不予行政處罰通知書，寫明不予行政處罰的事實、理由和依據，送達當事人；違法事實不成立的，應當制作調查結果通知書，送達當事人。
著作權行政管理部門決定將案件移送司法部門處理時，應當制作涉嫌犯罪案件移送書，連同相關材料、證據及時移送有管轄權的司法部門。當事人對國家版權局的行政處罰不服的，可以向國家版權局申請行政復議；當事人對地方著作權行政管理部門的行政處罰不服的，可以向同級人民政府或者上壹級著作權行政管理部門申請行政復議。
當事人對行政處罰或行政復議決定不服的，可以依法提起行政訴訟。