醫院在處理醫療糾紛時，可以先進行醫患雙方協商調解。調解不成的，醫患雙方均可向衛生行政主管部門提出請求。衛生行政部門受理案件後，將指派專人妥善保管原始資料，封存相關醫療物品，組織工作人員進行調查，並形成書面材料。經過調查研究，衛生部門會給出處理意見，壹般會再次協商調解。如果協商不成，建議患者或其家屬訴諸三級醫療事故鑒定委員會進行鑒定。如對三級鑒定結論不滿意，可申請復檢或二級鑒定。如果還不滿意，申請復議和壹級鑒定。衛生行政部門和醫療單位應當根據鑒定結論和相關法律法規做出相應處理。如果對處理結果仍不滿意，可以向當地基層人民法院提起訴訟。當然，並不需要雙方自行協商，請求衛生行政部門處理，也可以直接向法院提起訴訟。醫療糾紛投訴受理及處理程序規定1。發生醫療糾紛時，科室必須妥善保管病歷，不得丟失、塗改和外借。2、本科的科主任負責醫療糾紛，醫療糾紛出現後，科主任首先負責接待患者或其家屬的投訴，了解投訴內容，進行調查。能夠當時回答並給出準確的解釋。如當時不能回答或調查後需要回答，應明確告知患者或其家屬下次接待時間、地點，同時向醫學教育科報告。3.患者死亡後發生醫療糾紛時，主管醫師或值班醫師必須會同上級醫師，明確向家屬提出是否做屍檢並在48小時內完成，將家屬是否同意做屍檢的意見完整記錄在病程記錄中，並請家屬簽字。如果家屬拒絕做屍檢，必須要求直系親屬在病歷上寫下“不同意屍檢”並簽字。4、當患者家屬提出封存病歷復印件時，正常工作時間向醫務教育科提出，非正常工作時間向值班科長提出。封存的手術病歷應當是由醫務人員家屬陪同的病歷復印件。客觀病歷的患者家屬可以復印，主觀病歷的患者家屬不能復印，復印件要蓋章。5.當科室在解決醫療糾紛時未能與患者/家屬達成壹致意見時，由醫教科和公安處接收，繼續解決。醫學教育科根據患者家屬提出的口頭或書面意見，組織相關科室人員進行調查討論，必要時須經醫院醫療事故鑒定委員會鑒定。6.醫學教育科受理醫療糾紛時，被投訴科室主任必須在場。因特殊情況缺席的，應向醫學教育科報告，委托副主任醫師以上的專業醫師負責回答投訴人提出的相關專業問題。7.如發生醫療糾紛，我院將在接到患者家屬投訴之日起七個工作日內將處理結果回復患者或家屬。8.申訴人不服本院醫療鑒定結論時，應按有關程序向上級醫療事故鑒定委員會申請醫療鑒定。9.醫務人員在接待醫療糾紛投訴人時，應耐心仔細傾聽，用通俗的語言進行合理科學的解釋，以取得家屬/患者的配合。10.在接待醫療糾紛時，應詢問來訪者是否為法律認可的患者直系親屬，以利於醫療糾紛的解決和合法性。《醫療事故處理條例》第三十五條衛生行政部門應當依照本條例和有關法律、行政法規、部門規章的規定，對發生醫療事故的醫療機構和醫務人員作出行政處理。
法律客觀性:
《醫療事故處理條例》第四十六條發生醫療事故賠償等民事責任糾紛，醫患雙方可以協商解決；不願協商或者協商不成的，當事人可以向衛生行政部門申請調解，或者直接向人民法院提起民事訴訟。第四十七條雙方協商解決醫療事故賠償等民事責任糾紛的，應當達成協議。協議書應當載明雙方的基本情況、醫療事故的原因、雙方認定的醫療事故等級和協商確定的賠償金額，並由雙方簽字。