1.程序性審核。所謂程序性審核就是從簽證程序的合法、合規性角度來檢驗簽證的真實性。主要抓住兩個環節：
（1）檢驗簽證的真實性。壹般簽證書面材料中有業主駐工地代表、承包商、監理工程師的簽字蓋章。審計發現許多簽證在簽字過程中模仿筆跡、變相復印、其他人代筆等多種形式。如審計中發現壹個工程的簽證，業主和承包商提供的簽證復印件不壹致，經過反復核實，發現部分簽證與工程實際情況不符，經向業主駐工地代表進行調查了解，承包商提供的簽證上的簽名系別人模仿他的筆跡簽署的。所以，對簽證審核時，首先要認定簽名蓋章、復印件的真實性。
（2）檢查簽證的合法性。如簽證有無雙方單位蓋章，印章是否偽造，復印件與原件是否壹致等是審核的重要內容。簽證是業主與承包商之間在工程實施過程中對已訂合同的壹種彌補或動態調整，相當於是壹份補充合同，作為審核對象資料具有同等法律效力，因而在形式上應該是雙方法人簽章齊全真實。審核時復印件與原件核對，簽證的印章與投標書中印章相比對，保證簽證形式合法、內容翔實合理。
2.實質性審核。由於業主駐工地代表甚至法人代表在工程專業知識方面存在局限性，所以，對於程序合法合規的簽證，仍要針對各種不同的情況，采取以下四種方法進行甄別：
（1）工程量審核法。對於工程量的簽證，審核時必須到現場逐項丈量、計算，逐筆核實。特別是對裝飾工程和附屬工程的隱蔽部分應作為審核的重點。因為這兩部分往往沒有圖紙或者圖紙不很規範，而現場勘察又比較困難。對此，審核人員應在征得業主和承包商雙方同意的情況下，進行破壞性檢查，以核準工程量。如審核某道路工程量時，發現圖紙和簽證均表示二灰碎石厚度16CM，但審核人員在現場勘察時發現路邊有壹處厚度遠遠不足，便組織雙方人員到現場，運用專門的儀器隨機取點，核準厚度僅為11.5CM，從而降低該道路工程峻工結算價二十多萬元。破壞性檢查只是事後審計的壹種方法，而更有效的審核辦法是事中跟蹤審計。在隱蔽工程被覆蓋之前，深入施工現場，獲得第壹手資料，為竣工結算審計打下基礎。如某影劇院屋面翻建工程，審計人員施工中曾三次去施工現場，特別是大面積的吊頂，由於在面層覆蓋前，到現場取得輕鋼龍骨的規格、間距的大小等有關原始數據資料，所以在結算審計時，這份原本很麻煩的簽證就變得異常簡單。
（2）材料價格確認法。相對於其他簽證來說，材料價格簽證的確認是比較難的。客觀上，各地區價格信息對普及性材料有明確指導價，而對裝飾材料的價格沒有明價指導，由於其品種、質量、產地的不同，導致了價格的千差萬別，業主也不能清晰、具體地提供材料的詳細資料。比如花崗巖，它的品種繁多，有的價格每平方米壹百元左右，有的高級進口材料卻達到每平方米上千元，僅憑現場目測，不易分清楚它們價格的高低，審計人員要想準確地確定這些材料的價格幾乎是不可能的。主觀上，承包商甚至是業主都認為：材料的價格，只要他們雙方同意並簽證，審計人員應毫無疑義地采納。為了保證審計結果的公正性和準確性，筆者認為，審計人員要直面主客觀因素，從理論上說服雙方人員，統壹思想認識；審計操作上組織雙方人員，走向市場，尋求最接近實際情況的價格，以有力的事實證據取得雙方的壹致認可。
（3）補充項目認定法。審計人員如何對補充項目以單方造價或總價方式的簽證進行審計，壹般可以先運用工程量和材料價格簽證的確認方法對工程量和材料價格予以確認，再按照國家定額標準和有關文件進行測算，簽證的單方造價和總價低於測算結果，則對該結果予以確認，簽證的單方造價和總價高於測算結果，按測算結果確認。
（4）非量非價界定法。這種簽證既無明確的工程量，也無明確的價值量，它僅僅從技術的角度陳述某壹項目的實際施工情況。審計人員審核這樣壹種簽證要采取尋求壹個切入點的方法進行：首先考慮這壹項目是否需要作為增加項目？是不是重復計劃？界定的方法：分析和證實業主駐工地代表對於某壹項內容是否知道施工過程中確實發生了，如發生了是否知道這項內容在原預算的某壹個綜合定額子目中有沒有包含，分析證實後說明清楚，然後加以界定，準確計算。