1.嚴格管理流程。根據使用流程制定相關的規章制度，明確使用程序和管理辦法，參照公章的使用流程制定符合電子公章的管理辦法，使電子公章的使用規範，嚴格按照流程進行操作。用章首先需要得到主管領導批準，再將存儲有電子公章的介質 （例如USBKey）插入電腦終端的USB接口，啟動電子公章終端客戶端，讀入需要加蓋印章的電子文書，在電子文書中需要蓋章的地方點擊菜單上的“蓋章”功能鍵，按照系統提示輸入 “PIN”碼，當實體碼正確，則會蓋上印章。
2.設置專人管理。電子公章的管理員需要選配政治素質高的，有壹定的電腦和網絡操作知識的人員。壹方面，需要政治上可靠，嚴守單位規章制度和紀律，尤其是用章規定，能夠保證按照審批管理辦法用章。同時具有與業務技能相符的電腦網絡基礎知識，在接受相關培訓後，能夠按照用章流程使用電子公章。
3.加強安全防範。壹般用章程序需要電子公章軟件系統配合和密鑰，兩樣同時具備才能進行蓋章。所以在進行保管時，電子公章和密鑰要分離保管。電子公章壹般是存在存儲介質 （例如優盤或者 USBkey）中，所以壹般電子公章存儲介質是存在保險櫃中，專人負責。而密鑰則是密碼程序，兩者要分開存放，提高防範措施。
4.權限驗證系統。同時在電子公章啟用後要設置使用權限，根據電子公章使用系統劃分為四個角色，即平臺管理員、系統管理員、公章管理員、公章使用人，根據人員身份不同，設置不同的權限，使對公章的使用能夠實時進行監控和查詢。由於權限不同，可以分別對不同的身份進行授權和變更。同時加強驗證管理，在客戶端使用電子公章或者查閱電子公文時，可以對電子公文的公章進行驗證，壹般是查閱公章的簽章人姓名、公章名稱、簽章時間、簽章方式、電子文本信息等，進行身份驗證和公章驗證，確保公章的使用合法合權。