李賢太子的結局是自盡而死。
文明元年，高宗駕崩，中宗李顯繼位，但僅壹個多月就被武後廢黜，改立睿宗李旦，武後由此把持朝政。不久後命令左金吾衛將軍丘神勣前往巴州搜查庶人李賢的住宅，以防備謀反隱患。
丘神勣到巴州後將李賢囚禁別室，逼令自殺，年僅二十九歲。武則天得知李賢死訊後，曾在洛陽顯福門舉哀，並將丘神勣貶斥，但不久重獲啟用。
李賢的故事：
章懷太子李賢不僅文史造詣深厚，可能還具備相當音樂修養。《舊唐書·李嗣真列傳》記載了太子被廢前壹段插曲。當時李嗣真前往太清觀奏樂，發現曲調十分悲哀，就問道士劉概和輔儼：“這曲子為何如此哀怨不和諧？”，兩人答道：“這是太子譜的《寶慶樂》。”
按理說《寶慶樂》應當歡快喜悅，由太子作出卻充滿悲涼，反映了李賢當時憤懣抑郁的心情。果然沒過多久，太子即被廢黜。後來劉概將此事講給高宗，高宗也覺得十分驚奇。