南大港濕地處於暖溫帶半濕潤大陸性季風氣候區。四季分明，雨熱同期為主要氣候特征。春季少雨多風，涼爽幹燥，回溫快，蒸發大；夏季炎熱濕潤，多雨，高溫天氣時有出現；秋季天睛氣朗，風微涼爽，降溫快，晝夜溫差大；冬季嚴寒少雪，幹燥，伴有寒潮，多刮西北風。該地的年平均氣溫是12.7℃，氣溫年降變化不大，但年較差較大。壹月份平均氣溫-4。8度，七月份最熱，平均氣溫26。5度，無霜期188天，太陽年輻射總量為128。4度千卡/平方厘米，年平均降水量557。4毫米。多年平均降水量604.7mm，最特殊年份1964年降水量為1343.5mm，1968年降水量僅247.1mm。降水的年際變化較大，年內分配也不均勻，年雨量高度集中於夏季，7～8月份降水量占全年降水的75%以上。